带有用户输入的 knitr答案

【问题标题】：knitr with user input带有用户输入的 knitr
【发布时间】：2018-02-03 22:15:20
【问题描述】：

我正在使用 R markdown 和使用 Rstudio 的 Knitr。

我有以下 R 降价文件：

---
title: "Untitled"
author: ""
date: ""
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r}
#Load libraries
library(knitr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(chron)
library(gridExtra)

#Get current directory
directory = getwd()
setwd(directory)

readname = function()#prompt user for the name and number of the site
{ 
  n <- readline(prompt="Site name and number: ")
  return(n)
}
prjName=readname()
print(prjName)
prjName2="TEST NAME"
prjName2

代码要求用户提供站点名称和编号。我可以在 R markdown 中运行该块并通过控制台获取用户输入并打印它就好了。它也在全局环境中存储为字符串。然而，当我编织文档时，我得到以下结果：

似乎在编织文档时我无法打印用户输入字符串...

对此的任何帮助将不胜感激。

【问题讨论】：

所以你有print(prjName)，然后只有prjName2..prjName（没有print）呢？
有趣，在 RStudio 中运行它我什至没有机会输入任何东西，它只是完成编织
我猜你正在使用 R Studio 的“编织”功能。这会在非交互式会话中呈现文档，这意味着 readline 函数不会要求输入。它总是只返回""。
prjName 或 print(prjName) 都不会产生任何结果。我正在使用“编织”功能。我曾计划让用户在 R markdown 文件中运行脚本，系统会提示他们在控制台中输入名称（和其他内容），然后再编织文档。因此，运行脚本以获取我需要的所有用户输入，然后运行 knit 并生成报告。

标签： r knitr r-markdown

【解决方案1】：

正如 Nathan 在评论中所说，您不能使用 readline 在 knitr 文档中获取输入，因为它不是交互式的。但是您可以使用“参数化报告”获取用户输入（请参阅http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html）。例如，

---
title: "Untitled"
author: ""
date: ""
output: html_document
params: 
  prjName: "The project name"
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r}
readname = function()# Get the project name
{ 
  params$prjName
}
prjName=readname()
prjName

如果你只是编织这个文档，它会将 prjName 设置为“项目名称”。如果您单击“使用参数编织”（或在对 rmarkdown::render 的调用中设置 params = "ask"），系统将提示您输入该值，并将其作为默认值。

【讨论】：

【解决方案2】：

参数化报告（参见之前的答案）有助于在渲染之前设置变量，并且是一种比下面描述的方法更好的做法（在大多数情况下，由于缺乏可重复性，应该避免这种方法） .但是，如果（出于某种原因）您希望在渲染 Rmd 的过程中提示用户输入数据，您可以使用 utils::menu() 和 graphics = TRUE 与信息性 warning() 或 message() 输出到控制台。

想象一下以下设置：

您正在从 IDE 手动启动 rmarkdown::render()（该方法不适用于 Rstudio 的 knit 按钮或从不支持图形的任何内容进行渲染时）并且想要（在某些情况下）干预中间渲染。
您的工作流程依赖于外部数据或一些随机或不一致的过程（并且只能通过运行 Rmd 部分解决）

如果的平均值高于/低于某个阈值，下面的示例使用一个标志来继续或重新创建数据，但这可能是您可能想要设置的任何标志，以触发用户输入的需求。

    ---
    title: "Using menu() in an Rmd"
    output: html_document
    ---
    
    ```{r setup, include=FALSE}
    knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, message = FALSE, warning = FALSE)
    ```
    
    ```{r initial-values-and-parameters}
    cut_point_mean <- 0.35
    
    set.seed(12)
    data <- runif(1:10)
    ```
    
    ```{r initial-parameters}
    (dat_mean <- mean(data))
    (wait_to_proceed <- dat_mean < cut_point_mean)
    num_retry <- 0
    ```
    
    ```{r while-loop-check-distribution}
    while(wait_to_proceed){
      
      warning(paste("Mean of data is:", dat_mean, 
                    "\nThis is greater than cut_point of:", cut_point_mean,
                    "\ndo you want to proceed to plotting or resample data?"),
              immediate. = TRUE)
      
      switch(menu(choices = c("Yes, proceed to plotting.", "No, resample output."), 
                  graphics = TRUE,
                  title = "Read warning(s) on console before making selection") + 1,
             stop("User must make a selection.\n"), 
             wait_to_proceed <- FALSE, 
             num_retry <- num_retry + 1
             )
      
      if(wait_to_proceed){
        data <- runif(1:10)
        dat_mean <- mean(data)
        wait_to_proceed <- dat_mean < cut_point_mean
    
      }
    }
    ```
    
    ```{r}
    print(paste("Number of times data regenerated:", num_retry))
    print(dat_mean)
    ```
    
    ```{r}
    plot(data)
    ```

想象上面的代码块代表一个名为“test-file.Rmd”的 Rmd 文档。在通过rmarkdown::render("test-file.Rmd") 渲染后，dat_mean 的初始值将是 ~0.32，因此系统会提示您：

我不确定在某些情况下您应该使用这种方法。对于像这样的大多数问题，最好制定一个可靠的解决方案并通过rmarkdown::render() 中的params 参数输入。

您最终采用这种方法的一种潜在情况可能是，如果您有一个不完全可靠的外部数据源，并且您应该采取的操作不清楚，或者您想在继续之前检查某些内容并且（出于某种原因) 你希望在渲染 Rmd 的中途发生这种情况（而不是在启动它之前）...

【讨论】：