在不同的子集上执行代码

Question

我有一个包含数千行的 data.frame。我正在对这些数据的子集应用几行代码。

我在一列“mergeorder$phylum”中有 4 个子集：

[1] "ascomycota"      "basidiomycota"   "unidentified"   
[4] "chytridiomycota"

在每个子集上，我必须分别应用这组函数：

ascomycota<-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c("ascomycota"), ]
group_ascomycota <- aggregate(ascomycota[,2:62], by=list(ascomycota$order), FUN=sum)

row.names(group_ascomycota)<-group_ascomycota[,1]
group_ascomycota$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum) 

dat5 <-sweep(group_ascomycota[,2:62], 2, colSums(group_ascomycota[2:62]), '/')
dat5$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum)
reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),]

reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5)
FINITO<-reorder_dat5[1:15,]

write.table(FINITO, file="output_ITS1/ITS1_ascomycota_order_top15.csv", col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE)

此代码有效。但是，我想应用此代码，而无需手动将每个“子囊菌”替换为“担子菌”、“未识别”、“壶菌”。

我应该使用什么功能？我应该如何使用它？我一直在为sapply()、repeat() 苦苦挣扎，但还没有走远。

最终结果应该执行整个代码并导出 csv 单独文件。

非常感谢您的回答

Answer 1

通常可以编写一次处理所有子集的代码。但是，您正在做的事情非常复杂。最好的办法可能是将所有这些收集到一个函数中，然后为每个子集运行该函数。像这样的：

subset_transform <- function(subset){
  t <-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c(subset), ]
  group_t <- aggregate(t[,2:62], by=list(t$order), FUN=sum)

  row.names(group_t)<-group_t[,1]
  group_t$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum) 

  dat5 <-sweep(group_t[,2:62], 2, colSums(group_t[2:62]), '/')
  dat5$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum)
  reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),]

  reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5)
  FINITO<-reorder_dat5[1:15,]

  write.table(FINITO, file = paste("output_ITS1/ITS1_", subset, "_order_top15.csv"), col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE)
}

subset_transform("ascomycota")
subset_transform("basidiomycota")
subset_transform("unidentified")
subset_transform("chytridiomycota")