从R中的文件名创建日期变量

Question

我需要一些帮助，在 R 中创建一个数据集，其中每个观测值都包含纬度、经度和日期。现在，我有一个按纬度/经度网格划分的大约 2,000 个文件的列表，每个文件都包含一个日期的观察结果。最终，我需要做的是将所有这些文件合并到一个文件中，其中每个观察值都包含一个从文件名中提取的日期变量。

例如，一个文件名为“MERRA2_400.tavg1_2d_flx_Nx.20120217.SUB.nc”。我希望该文件中的所有观察结果都包含 2012 年 2 月 17 日的日期变量。

那个“nc”扩展描述了一个netCDF文件，可以读入R如下：

library(RNetCDF)
setwd("~/Desktop/Thesis Data")
p1a<-"MERRA2_300.tavg1_2d_flx_Nx.20050101.SUB.nc"
pid<-open.nc(p1a)
dat<-read.nc(pid)

我知道ldply 命令对于从文件名中提取和指定新变量很有用。但我需要创建一个循环来组合上面“论文数据”文件夹中的所有文件（设置为我的 wd），并在此过程中为它们提供日期变量。

我一直在尝试使用两个单独的循环。第一个循环逐个上传文件，根据文件名创建一个日期变量，然后将它们重新保存到一个新文件夹中。第二个循环连接该新文件夹中的所有文件。这种策略我运气不佳。

view[dat]

正如您希望在这张描述上面上传的数据文件的图片中看到的那样，每个文件都包含一个时间变量，但该时间变量在每个文件中都有一个观察值，即 690。所以我可以用文件名中的日期替换那个变量，或者我可以创建一个新变量——任何一个都可以。

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我没有任何使用 .nc 文件的经验，但我认为您需要做的，概括地说，是这样的：

filenames <- list.files(path = ".") # Creates a character vector of all file names in working directory

使用列名创建空数据框：

final_data <- data.frame(matrix(ncol = ..., nrow = 0)) # enter number of columns you will have in the final dataset
colnames(final_data) <- c("...", "...", "...", ...) # create column names

对于每个文件名，读入文件，创建日期列并在全局环境中作为对象写入：

for (i in filenames) {
  pid<-open.nc(i)
  dat<-read.nc(pid) 

  date <- ... # use regex to get your date from i and convert it into date

  dat$date <- date

  final_data <- rbind(final_data, dat)
}