使用 rpy2 的控制台输出在 Jupyter Notebook 中不起作用答案

【问题标题】：Console output using rpy2 does not work in Jupyter Notebook使用 rpy2 的控制台输出在 Jupyter Notebook 中不起作用
【发布时间】：2021-02-23 13:24:56
【问题描述】：

使用 Jupyter Notebook，当我从使用 R 内核的笔记本执行 R 包（在我的情况下为 Climatol）中的函数时，消息会显示为输出，报告正在执行的过程。没什么新鲜的。

使用的代码块是这样的：

library(maps)
library(mapdata)
library(climatol)

# Apply function (from R kernel)
homogen('Vel',2011,2012,tinc='6 hour',expl=TRUE)

现在，使用另一个笔记本中的 Python 内核，当我通过 rpy2 应用相同的参数调用相同的函数时，我没有得到与上一张图片中出现的相同消息。相反，我得到了这个：

这次使用的代码块是这样的：

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.packages import importr

importr('maps')
importr('mapdata')
importr('climatol')

# Apply function ( from Python kernel)
r["homogen"]("Vel",2011,2012,tinc="6 hour",expl=r['as.logical']("T"))

我从 Sublime Text 运行了上面提到的 Python 代码，在这种情况下会显示消息：

从 Windows 控制台运行代码时也会显示这些消息，这让我认为缺点是 Jupyter。话虽如此，如何使用 Jupyter 获取这些消息？

我使用的是 Python 3.7，rpy2 的版本是 2.9.4

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

请发布您的 rpy2 的完整代码块（minimal reproducible example 的行数足够）而不是 images。您是在 Python 2 还是 Python 3 内核中运行？如果您在任何 IDE 之外的命令行上运行 .py 脚本会发生什么？如果你把电话放在print(...).
你好@Parfait。我已根据您的建议编辑了问题。谢谢！
Documentation 表示：此函数不返回任何值，其结果将保存到与输入文件具有相同基本名称和扩展名的文件中。因此，即使 Jupyter 屏幕上没有输出呈现，结果是否会保存到外部文件中？
你好。是的，输出保存到外部文件，但我需要它们出现在控制台中，因为我需要生成程序报告。

标签： python r jupyter-notebook rpy2

【解决方案1】：

rpy2 在 Windows 上不完全支持。用于设置如何处理 R 输出的回调可能无法正常工作，这会导致您观察到的问题。

如果这将在更新的 rpy2 版本中得到改进。例如，最新的 rpy2 版本是 3.3.6。

否则，为了在 Windows 上获得更好的兼容性，请考虑在 Docker 中运行 rpy2/jupyter，或者如果它可以在 WSL（Linux 的 Windows 子系统）中运行。

【讨论】：