按 R 组汇总数据答案

【问题标题】：summarize data by group R按 R 组汇总数据
【发布时间】：2021-04-14 18:55:31
【问题描述】：

我试图获得具有 3 个重复的样本的均值、标准差、简历。数据如下所示：

Sample   Titer
1        1000
1        1002
1        1006
2        2003
2        2090
2        NA
3        3020
3        3020
3        3498

我想要excel格式的输出

Sample  mean    sd    cv
1       
2
3

这是我写的：

cv <- function(x) 100*( sd(x)/mean(x))
Re <- aggregate(titer ~ Sample, df, function(x) c(mean = mean(x), sd = sd(x), cv=cv(x)))

结果看起来不错，只是 sd 和 cv 不被视为新列并且没有列名 str(Re) 仅给出“Sample”和“titer”2 列。为什么？有什么解决办法吗？

然后我尝试使用 group_by(Sample)%>%summarize(df, titer.mean=mean(titer), sd=sd(titer), cv=cv(titer)) 没用，给了 NA 值。

【问题讨论】：

标签： r dplyr statistics

【解决方案1】：

您需要从所有计算中排除 NA 值。

library(dplyr)
cv <- function(x) 100*( sd(x, na.rm = TRUE)/mean(x, na.rm = TRUE))

df %>% 
  group_by(Sample)%>%
  summarize(titer.mean=mean(Titer, na.rm = TRUE), 
           sd=sd(Titer, na.rm = TRUE), 
           cv=cv(Titer))

您可以对aggregate 执行相同的操作，但它将所有值保存在一个矩阵中的一列中。

tmp <- aggregate(Titer ~ Sample, df, function(x) c(mean = mean(x, na.rm = TRUE), 
                                            sd = sd(x, na.rm = TRUE), cv=cv(x)))

result <- cbind(tmp[1], tmp$Titer)

【讨论】：

aggregate 将一列Titler 中的所有值作为矩阵拟合。我在答案中添加了更新，以显示如何使用 aggregate 生成不同的列。