使用 fitdistrplus 包中的 fitdist() 时抑制错误消息

Question

我正在使用fitdistrplus 包中的某些函数作为我正在创建的包的一部分。

我试图阻止在运行函数时在控制台中显示任何错误消息，而是希望将错误消息记录在我正在创建的错误日志中。

在大多数情况下，使用tryCatch() 让我能够实现这一点。

但特别是对于 fitdist() 函数，即使正在将消息写入错误日志（意味着 tryCatch() 表达式正在运行），我也无法禁止在控制台中打印错误消息。

我在下面的代码中复制了我的问题。

library(fitdistrplus)

file.create("error_log.txt")

func_desc<-function(x){
  tryCatch({
    descdist(data = x)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_desc :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

func_fit<-function(x,dist){
  tryCatch({
    fitdist(data = x,distr = dist)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_fit :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

# Creating a vector of repeated values which will result in an error
test<-rep(x = 1,times = 10)

func_desc(x = test)
# Results in an error and the message is written to the error log and not printed in the console

func_fit(x = test,dist = "beta")
# Results in an error and the message is both written to the error log and printed in the console

我想禁止func_fit() 打印此错误消息。

我已经尝试过以下替代方案：

1. try() 和 silent = TRUE。仍然会打印错误消息。
2. conditionMessage() 给出相同的结果。
3. withCallingHandlers() 已在一些帖子和线程中提出，但我不确定如何正确实施。
4. 将invisible() 与函数一起使用仍会打印错误。

Answer 1

这是因为fitdist（或者实际上，由fitdist 调用的mledist）已经在进行一些错误捕获。原始错误在optim 中并已被捕获，然后mledist 打印 到控制台的错误消息。因此，您看到的并不是真正的错误，甚至不是警告，而是包含捕获的错误消息内容的打印语句。

mledist 的作用是：

    if (inherits(opttryerror, "try-error")) {
        warnings("The function optim encountered an error and stopped.")
        if (getOption("show.error.messages")) 
            print(attr(opttryerror, "condition"))
        return(list(estimate = rep(NA, length(vstart)), convergence = 100, 
            loglik = NA, hessian = NA, optim.function = opt.fun, 
            fix.arg = fix.arg, optim.method = meth, fix.arg.fun = fix.arg.fun, 
            counts = c(NA, NA)))
    }

这不是很好的做法，正是因为它会导致您现在遇到的问题；它会阻止其他人系统地处理错误。

从该代码中可以看出，您可以通过将show.error.messages 选项设置为 FALSE 来关闭此功能：

options(show.error.messages = FALSE)

但您要小心这一点，因为在 R 会话的其余部分您不会看到任何错误消息。你绝对不想对别人的会话这样做。

另一种选择是使用sink("extra-error-messages.txt") 将所有打印发送到某个地方的控制台（甚至可能发送到您的error_log.txt，但我不确定这是否会导致写入多个内容时出现问题）。