如何绘制 ggplot2 散点图的特定颜色和形状？

Question

我一直在尝试使用 ggplot2 制作散点图，其中的点都是一组自定义的颜色和形状，但没有得到我想要的。

以下代码为我提供了正确的形状，但只有两种颜色（紫色和蓝色）：

ggplot(dat, aes(x=dat$PC2, y=dat$PC3)) + 
  geom_point(aes(color=dat$color, shape=dat$shape)) +
  scale_colour_manual(values=dat$color) +
  ggtitle("PC Scores") +
  theme(legend.position="none")

下面的代码仍然给了我正确的形状，但现在确实显示了颜色差异。但是，虽然需要不同颜色的点现在是不同的颜色，但它们不是正确的颜色。它看起来不像我想要的颜色，而是带有默认调色板。

ggplot(dat, aes(x=dat$PC2, y=dat$PC3)) + 
  geom_point(aes(color=factor(dat$color), shape=dat$shape)) +
  scale_fill_manual(values=dat$color) +
  ggtitle("PC Scores") +
  theme(legend.position="none")

我的颜色哪里出错了？我试过从颜色切换到填充命令，但我似乎无法获得正确的组合。是因为我重复颜色吗？

这是我正在尝试绘制的数据样本 (dat)：

PC2 PC3 color   shape
-0.14   -0.22   purple  21
-0.04   -0.18   purple  21
0.12    -0.04   purple  21
0.34    0.08    blue    21
-0.06   -0.29   blue    21
0.13    -0.09   blue    21
0.02    0.02    blue    21
0.07    -0.12   orange  21
0.09    -0.10   orange  21
0.17    -0.06   orange  21
0.57    0.59    red 22
0.13    -0.01   red 22
0.26    0.19    red 22
0.18    0.07    red 21
0.13    -0.03   red 21
-0.19   -0.06   purple  22
-0.08   -0.04   purple  22
-0.03   -0.07   purple  22
0.12    -0.03   black   24
0.03    -0.19   black   24
0.11    -0.06   black   24
-0.42   0.29    blue    22
-0.63   0.39    blue    22
-0.57   0.32    blue    22
-0.23   0.16    blue    22
0.14    -0.05   purple  24
0.31    -0.15   purple  24

非常感谢！

Answer 1

问题是您必须在绘图之前设置因子级别，并且需要将颜色名称设置为字符向量：

# set the levels of dat$color in the right order
dat$color <- factor(dat$color, levels = c("purple","blue","orange","red","black"))
# create a character vector of colornames
colr <- as.character(unique(dat$color))

ggplot(dat, aes(x=PC2, y=PC3)) + 
  geom_point(aes(color=color, shape=factor(shape))) +
  scale_color_manual(breaks=unique(dat$color), values=colr)

这给出了：

注意：出于说明原因，我没有删除图例。

Answer 2

ggplot(dat, aes(x=PC2, y=PC3)) + 
  geom_point(aes(color=color, shape=factor(shape))) +
  scale_colour_manual(values= levels(dat$color)) +
  ggtitle("PC Scores")