【问题标题】:Code works interactively but not while knitting代码以交互方式工作,但在编织时不能
【发布时间】:2020-10-15 05:41:47
【问题描述】:

我有一个 RMarkdown 文档,其中包含一些 R 代码。当我在控制台中以交互方式运行代码时,代码运行良好。但是,当我尝试编织文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮),R 会抛出一些对象无法找到的错误消息。

【问题讨论】:

  • 我将此作为重复目标发布。这似乎是最常见的knitr 问题之一,我不知道有合适的重复目标。随时改进!
  • 添加 rstudio 标记,因为(仅此一次!)这是 IDE 特有的问题,而不是语言
  • @HongOoi 我同意......但也许你想和菲尔一起解决这个问题。 ;-)

标签: r r-markdown rstudio knitr


【解决方案1】:

编译文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮),knitting takes place in a separate R session。因此,您的文档必须是独立的

  1. 交互式会话的全局环境中的对象在编织时可用。您必须在文档中创建/加载所有对象。
  2. 您必须加载文档中使用的所有包。

另请注意,在编织时,您的工作目录会更改为包含您的文档的目录(默认情况下)。因此,相对路径(例如,您要读取的数据集的路径)可能不会指向预期的文件。

【讨论】:

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