【发布时间】:2019-08-11 18:56:42
【问题描述】:
在过去的几个月里,由于启动时间和性能过长,R 和 RStudio 几乎无法使用。当我在公司的 VPN 上工作时,问题一直存在;但是,无论我如何连接(没有 VPN,使用 VPN,直接连接到办公室以太网),它都成为了一个问题。我看到其他人抱怨 RStudio 在使用 VPN 时运行缓慢,但无论我的连接如何,RStudio 和 RGui 都存在这个问题。
我在 StackOverflow (Rstudio is painfully slow) 上找到了一个类似的链接,通过运行 gctorture(FALSE) 解决了该链接;但是,这并没有改善我的情况。我还研究了 RStudio 社区上的所有主题(最相关的是 https://community.rstudio.com/t/rstudio-slow-response-over-vpn/6225),但发帖者的问题似乎都与我的问题不符。
关于运行速度有多慢的一些参考点:加载 RStudio 需要 5-7 分钟以上(在此期间我盯着一个空白屏幕),运行 library(tidyverse) 需要 7-10 分钟。加载 RGui 不需要很长时间,但再次运行 library(tidyverse) 需要 7-10 分钟。
我不确定了解哪些其他信息会有用,但我什至不知道如何自行进一步调查此问题。我试过卸载/重新安装 R 和 RStudio。我尝试过重置 RStudio 的状态 (https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200534577-Resetting-RStudio-Desktop-s-State)。我尝试全局更改我的工作目录以始终引用 R 库的本地路径/文件夹,以避免通过我公司的 OneDrive 网络。没有任何效果。
运行sessionInfo() 返回:
>sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 15063)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] data.table_1.12.0 forcats_0.3.0 stringr_1.4.0 dplyr_0.8.0.1
[5] purrr_0.3.0 readr_1.3.1 tidyr_0.8.2 tibble_2.0.1
[9] ggplot2_3.1.0 tidyverse_1.2.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] withr_2.1.2 rvest_0.3.2 tidyselect_0.2.5 lattice_0.20-38
[5] pkgconfig_2.0.2 xml2_1.2.0 compiler_3.5.3 readxl_1.2.0
[9] Rcpp_1.0.0 cli_1.0.1 plyr_1.8.4 cellranger_1.1.0
[13] httr_1.4.0 tools_3.5.3 nlme_3.1-137 broom_0.5.1
[17] R6_2.4.0 scales_1.0.0 assertthat_0.2.0 gtable_0.2.0
[21] stringi_1.3.1 rstudioapi_0.9.0 backports_1.1.3 hms_0.4.2
[25] munsell_0.5.0 grid_3.5.3 colorspace_1.4-0 glue_1.3.0
[29] lubridate_1.7.4 rlang_0.3.1 magrittr_1.5 generics_0.0.2
[33] lazyeval_0.2.1 crayon_1.3.4 haven_2.0.0 modelr_0.1.3
[37] pillar_1.3.1 jsonlite_1.6
和Sys.getenv() 返回:
>Sys.getenv()
ALLUSERSPROFILE C:\ProgramData
APPDATA C:\Users\combsd\AppData\Roaming
CommonProgramFiles C:\Program Files (x86)\Common Files
CommonProgramFiles(x86)
C:\Program Files (x86)\Common Files
CommonProgramW6432 C:\Program Files\Common Files
COMPUTERNAME ELSPHIL-7013101
ComSpec C:\WINDOWS\system32\cmd.exe
GFORTRAN_STDERR_UNIT -1
GFORTRAN_STDOUT_UNIT -1
HOME \\ELSPHIDATP04VA\COMBSD
HOMEDRIVE C:
HOMEPATH \Users\combsd
LOCALAPPDATA C:\Users\combsd\AppData\Local
LOGONSERVER \\ELSPHIDCXP021
MSYS2_ENV_CONV_EXCL R_ARCH
NUMBER_OF_PROCESSORS 4
OneDrive C:\Users\combsd\OneDrive - [Redacted Employer Name]
OneDriveCommercial C:\Users\combsd\OneDrive - [Redacted Employer Name]
OS Windows_NT
PATH C:\Rtools\bin;C:\Program Files (x86)\Common
Files\Oracle\Java\javapath;C:\Rtools\bin;C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\WINDOWS\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program
Files\Microsoft SQL Server\Client
SDK\ODBC\130\Tools\Binn\;C:\Program Files
(x86)\Microsoft SQL
Server\140\Tools\Binn\;C:\Program
Files\Microsoft SQL
Server\140\Tools\Binn\;C:\Program
Files\Microsoft SQL
Server\140\DTS\Binn\;C:\Program Files
(x86)\Microsoft SQL Server\Client
SDK\ODBC\130\Tools\Binn\;C:\Program Files
(x86)\Microsoft SQL
Server\140\DTS\Binn\;C:\Program Files
(x86)\Microsoft SQL
Server\140\Tools\Binn\ManagementStudio\;C:\Program
Files\EasyFrom Inc\;C:\Program
Files\nodejs\;C:\Program
Files\Git\cmd;C:\Users\combsd\AppData\Local\Microsoft\WindowsApps;C:\Users\combsd\AppData\Local\Programs\MiKTeX
2.9\miktex\bin\x64\;C:\Users\combsd\AppData\Roaming\npm;C:\Users\combsd\AppData\Local\Programs\Microsoft
VS Code\bin;C:\Program
Files\heroku\bin;C:\Users\combsd\AppData\Local\GitHubDesktop\bin
PATHEXT .COM;.EXE;.BAT;.CMD;.VBS;.VBE;.JS;.JSE;.WSF;.WSH;.MSC
PROCESSOR_ARCHITECTURE
x86
PROCESSOR_ARCHITEW6432
AMD64
PROCESSOR_IDENTIFIER Intel64 Family 6 Model 142 Stepping 9,
GenuineIntel
PROCESSOR_LEVEL 6
PROCESSOR_REVISION 8e09
ProgramData C:\ProgramData
ProgramFiles C:\Program Files (x86)
ProgramFiles(x86) C:\Program Files (x86)
ProgramW6432 C:\Program Files
PSModulePath C:\Program
Files\WindowsPowerShell\Modules;C:\WINDOWS\system32\WindowsPowerShell\v1.0\Modules;C:\Program
Files (x86)\Microsoft SQL
Server\140\Tools\PowerShell\Modules\
PUBLIC C:\Users\Public
R_ARCH /i386
R_COMPILED_BY gcc 4.9.3
R_HOME C:/PROGRA~1/R/R-35~1.3
R_LIBS_USER \\ELSPHIDATP04VA\COMBSD/R/win-library/3.5
R_USER \\ELSPHIDATP04VA\COMBSD
SESSIONNAME Console
snow_agent C:\Program Files\Snow Software\Inventory\Agent
SystemDrive C:
SystemRoot C:\WINDOWS
TEMP C:\Users\combsd\AppData\Local\Temp
TMP C:\Users\combsd\AppData\Local\Temp
UATDATA C:\WINDOWS\CCM\UATData\D9F8C395-CAB8-491d-B8AC-179A1FE1BE77
USERDNSDOMAIN SCIENCE.[Redacted Employer Name].NET
USERDOMAIN SCIENCE
USERDOMAIN_ROAMINGPROFILE
SCIENCE
USERNAME combsd
USERPROFILE C:\Users\combsd
windir C:\WINDOWS
非常感谢任何支持。我很乐意回答问题/提供更多信息,但我现在不知道该去哪里。
【问题讨论】:
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您是否与多个其他用户共享您的虚拟机?你的
memory.limit和memory.size是什么 -
看起来您的 R 库位于服务器上而不是本地存储:
\\ELSPHIDATP04VA\COMBSD/R/win-library/3.5,这会拖慢您的速度吗? -
rgui.exe 需要几分钟才能加载 tidyverse 的事实表明这是 R 和您的网络交互方式的问题,而不是 RStudio。特别是,看看为您的网络共享创建一个映射驱动器号,并在 R 中使用它,是否会改变任何东西。
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@DaveGruenewald 我是笔记本电脑的唯一用户。运行内存函数返回以下内容: >memory.size() [1] 20.23 >memory.limit() [1] 3583 @Marius 鉴于 cmets 的数量表明该问题与 R 如何与我的公司网络交互有关,我做到了将我的
R_LIBS_USER映射到本地路径。这似乎有帮助,但我过去在远程工作和使用 VPN 和这个解决方案时遇到了问题。我将根据@HongOoi 和@KevinUshey 的建议进一步探讨这一点。我非常感谢所有对进一步研究的支持和建议。
标签: r performance rstudio startup