在 R markdown 中安装 ggplot2 编织错误答案

【问题标题】：Installing ggplot2 knitting error in R markdown在 R markdown 中安装 ggplot2 编织错误
【发布时间】：2021-12-18 15:21:20
【问题描述】：

在尝试安装 GGplot 包后，当我尝试在 R 中编织我的文档时，我不断收到此错误。

错误出现在第 71 行，但第 71 行没有代码。当我运行该部分时，我在控制台中收到此消息：

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/4.1/ggplot2_3.3.5.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 4125542 bytes (3.9 MB)
==================================================
downloaded 3.9 MB

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/km/tr6lt7kx6h71d83606qh91hc0000gn/T//Rtmp4M6La0/downloaded_packages
RStudio Community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse

【问题讨论】：

options("repos") 在控制台上显示什么？如果然后将其插入到 install.packages(.) 之前的块中，然后编织，它会显示相同的内容吗？
顺便说一句，如果您认为ggplot2 可能可用（即，它不打算每次都在 vanilla/empty VM 或 docker 映像中运行），您可以考虑替换 @987654331 @ 和if (!requireNamespace("ggplot2", quietly=TRUE)) install.packages("ggplot2")：如果它可用，那么您不需要花费时间/精力重新编译和/或重新安装它。（仅供参考，library 和 require* 之间的区别：stackoverflow.com/a/51263513/3358272、yihui.org/en/2014/07/library-vs-require 和 r-pkgs.org/namespace.html#search-path.）
参见community.rstudio.com/t/rmd-install-packages-best-practices/… tl;dr 是：不要在 Rmd 文档中包含安装包的行。

标签： r r-markdown

【解决方案1】：

您收到的消息是由于install.packages() 需要在非交互式运行时指定 CRAN 镜像，例如install.packages("ggplot2", repos = "https://cloud.r-project.org") 为云镜。如果您从 REPL 运行它，它只会提示您从列表中选择一个。

它在该行标记错误的原因是，在编写 RMarkdown 文档时，错误消息通常指的是块，而不是特定的代码行。错误信息是指块的第一行代码，但不一定是错误发生的位置。

正如 Phil 在评论中提到的，在 Rmd 文档中包含 install.packages() 是一种不好的做法。最好的方法通常是在开头插入一个设置块，例如使用{r setup, include = FALSE}，然后它将包含您需要加载的所有包（使用library() 或require()），让用户根据需要安装它们。这也避免了加载包的输出显示在针织文档中。

如果你真的想在你的文档中强制安装包，你可以使用pacman包中的p_load()，但我还是建议不要在Rmarkdown文档中，因为它可能如果失败了就很难追溯任何问题。

【讨论】：

好的，谢谢！那行得通