网络的维恩图？答案

【问题标题】：Venn diagram of networks?网络的维恩图？
【发布时间】：2015-12-14 14:52:54
【问题描述】：

我在 R 上使用 igraph，并想创建多个网络的维恩图，以显示它们共享的边数。我还没有想出一个简单的方法来做到这一点。

例如：

> net1 <- graph.data.frame(data.frame(a=letters[1:10],b=letters[11:20]),
+                          directed=F)
> net2 <- graph.data.frame(data.frame(a=c(letters[1:5],letters[15:25]),
+                          b=c(letters[11:20],letters[c(21:26)])),
+                          directed=F)
> 
> net1_2 <- graph.intersection(net1,net2,keep.all.vertices=F)
> 
> net1
IGRAPH UN-- 20 10 -- 
+ attr: name (v/c)
> net2
IGRAPH UN-- 21 16 -- 
+ attr: name (v/c)
> net1_2
IGRAPH UN-- 15 5 -- 
+ attr: name (v/c)

然后做这样的事情，但这也可以在多个网络上工作，不仅仅是 2：

GraphsVenn(net1,net2)

如果您在想为什么我不只是绘制合并的网络并为交叉点着色，那是因为网络很大而且会一团糟。

谢谢！

【问题讨论】：

我没有使用 igraph 的经验，但是还有其他用于绘制维恩图的软件包，例如 cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/index.html an illustration：stackoverflow.com/q/31681110
谢谢弗兰克，我知道 VennDiagram，问题是 igraph 边缘不被读取为向量。所以是的，我可以简单地给出数字并绘制维恩图，但我想知道是否有更聪明的方法（我必须做多个网络的所有交叉点，这很长而且容易出错）。
graph.intersection（或最近称为intersection）确实适用于多个网络：igraph.org/r/doc/intersection.igraph.html
嗨，加博尔！和你说话真是太棒了......感谢igraph！所以我的问题不是如何做交叉点，而是如果有一种简单的方法（即我不知道的函数）来绘制网络交叉点的维恩图。

标签： r igraph venn-diagram

【解决方案1】：

我不是 igraph 方面的专家，但我认为您可以获得一个边缘列表，这可能是我的nVennR 包的（以及其他）输入：

library(igraph)
library(nVennR)

net1 <- graph.data.frame(data.frame(a=letters[1:10],b=letters[11:20]), directed=F)
net2 <- graph.data.frame(data.frame(a=c(letters[1:5],letters[15:25]), b=c(letters[11:20],letters[c(21:26)])), directed=F)

myV <- plotVenn(list(net1=as_ids(E(net1)), net2=as_ids(E(net2))))

结果：

然后您可以查询每个区域中的元素：

> listVennRegions(myV)
$`0, 1 (net2)`
 [1] "o|p" "p|q" "q|r" "r|s" "s|t" "t|u" "u|v" "v|w" "w|x" "x|y" "y|z"

$`1, 0 (net1)`
[1] "f|p" "g|q" "h|r" "i|s" "j|t"

$`1, 1 (net1, net2)`
[1] "a|k" "b|l" "c|m" "d|n" "e|o"

这个包可以处理任意数量的集合，虽然超过六个真的很慢而且信息量不是很大。如果您有兴趣，可以通过vignette 了解更多信息。

【讨论】：