有什么方法可以使用并行来加速 plotVenn() 过程？

Question

我正在尝试制作一个有 15 组的维恩图。我可以用 9 来完成，使用 nVennR 包，但我必须绘制 22 次以压缩结果。

myV <- createVennObj(nSets = 9, sNames = c( "NN","AdINI","AdTAR",
                                            "NN con NBI",
                                            "NN sin NBI",
                                            "AdINI con NBI",
                                            "AdINI sin NBI",
                                            "AdTAR con NBI",
                                            "AdTAR sin NBI"))

myV <- setVennRegion(myV, c("NN con NBI", "NN"), 4343)
myV <- setVennRegion(myV, c("NN sin NBI", "NN"), 22526)
myV <- setVennRegion(myV, c("AdINI con NBI", "AdINI"), 2032)
myV <- setVennRegion(myV, c("AdINI sin NBI", "AdINI"), 9545)
myV <- setVennRegion(myV, c("AdTAR con NBI", "AdTAR"), 2641)
myV <- setVennRegion(myV, c("AdTAR sin NBI", "AdTAR"), 10125)
i=0
while (i<22) {
        myV <- plotVenn(nVennObj = myV, outFile='democentro.svg')
        i=i+1
}

这花了几分钟，但结果却如我所料： 现在我想对 15 组做同样的事情。因为在上一张图表中，较小的集合被分成两部分。我试过这样做，但这个过程永远不会结束，即使是第一个情节。

有什么方法可以充分发挥我电脑的潜力吗？

by the way, I'm using Windows 10 and I have 16 [GB] of RAM

Answer 1

nVennR 模块是 CPU 密集型的，RAM 不是问题。实际问题是每行的点数随着集合的数量非线性地增加。我微调了该行为，以便可以尽可能快地渲染多达九个集合。我一直在研究新版本的算法，它会丢弃不必要的点，并且对于像你这样的情况可以更快。不幸的是，我无法将此版本移植到R（我相信Rcpp 存在范围界定问题）。

您可以从https://github.com/vqf/nVenn 试用该版本。您将在此处找到有关如何准备文件的说明。您甚至可以在https://github.com/vqf/nVenn/tree/master/binaries/Win 下载Windows 的二进制文件。