图形标题，使用 knitr 和 markdown 到 html 的引用答案

【问题标题】：figure captions, references using knitr and markdown to html图形标题，使用 knitr 和 markdown 到 html 的引用
【发布时间】：2012-11-30 15:38:27
【问题描述】：

我正在编写一个 Rmd 文件，由 knitr 处理成 HTML。它包含一些生成图形的 R 块，这些图形在 HTML 中存储为数据 URI。

1) 如何为这样的图像添加标题？我想要一个标题，上面写着“图 3：等等等等”，其中“3”是自动生成的。

2) 我以后如何引用这张图片，即“如图 3 所示，等等等等”。

【问题讨论】：

似乎有一些方法可以做到这一点，但希望它将被纳入 knitr 或 pandoc：github.com/adletaw/captioner github.com/mkoohafkan/kfigr（如下所述）galahad.well.ox.ac.uk/repro rmflight.github.io/posts/2012/10/papersinRmd.html（也如下所述） gforge.se/2014/01/fast-track-publishing-using-knitr-part-iii
现在看起来这正在获得 knitr/pandoc 的直接支持；请参阅bookdown.org/yihui/bookdown，尤其是第 2.3--2.5 节。

标签： r markdown knitr r-markdown

【解决方案1】：

您可以使用 R 中的简单计数器创建图形编号；见one example here。问题在于 Markdown 渲染器是否会为您呈现图形标题：R Markdown v1 不会，但 v2（基于 Pandoc）会。
我不知道。没有直接的方法可以插入标签作为图形的标识符，因此可能无法使用纯 Markdown 交叉引用图形。一旦你遇到这样的问题，想想（1）我真的需要它吗？（2）如果打算做一个结构复杂的文档，我觉得还是直接用LaTeX比较好（Rnw文档）。

【讨论】：

【解决方案2】：

这里描述了实现这两种方法的一种方法：http://rmflight.github.io/posts/2012/10/papersinRmd.html

这里描述了另一个（但我不知道它是否符合您的 #2）。 http://gforge.se/2014/01/fast-track-publishing-using-knitr-part-iii/

【讨论】：

由于我帖子中的新 rmarkdown 工作流需要 be changed，我目前已经实现了一些简单的函数来完成添加数字计数器的工作 - 尽管它不如前。这些函数存在于Gmisc-package 中，分别是figCapNo、figCapNoLast 和figCapNoNext——在first figCapNo 的文档中查看如何使用它。

【解决方案3】：

我迟到了，但我想提一下我最近创建的一个小程序包，用于与knitr 进行图形字幕和交叉引用。它被称为kfigr，您可以使用devtools::install_github('mkoohafkan/kfigr') 安装它。它仍在积极开发中，但主要功能已经存在。请务必查看小插图，它显示了一些使用示例并定义了一些用于图形标题和锚点的钩子（我以后可能会选择让包导入 knitr 并在加载时定义这些钩子）。

编辑：kfigr 现在可以在 CRAN 上使用！

【讨论】：

看起来kfigr 将在bookdown 处于beta 测试阶段后立即过时：bookdown.org/yihui/bookdown。我鼓励人们尝试bookdown，因为kfigr 并不总是与pandoc 配合得很好，并且不支持markdown-->PDF。

【解决方案4】：

也很晚了，我改了易辉的建议here，他也在上面链接做参考。

```{r functions, include=FALSE}
# A function for captioning and referencing images
fig <- local({
    i <- 0
    ref <- list()
    list(
        cap=function(refName, text) {
            i <<- i + 1
            ref[[refName]] <<- i
            paste("Figure ", i, ": ", text, sep="")
        },
        ref=function(refName) {
            ref[[refName]]
        })
})
```
```{r cars, echo=FALSE, fig.cap=fig$cap("cars", "Here you see some interesting stuff about cars and such.")}
plot(cars)
```

What you always wanted to know about cars is shown in figure `r fig$ref("cars")`

【讨论】：

谢谢@user3355146。唯一的问题是 fig$ref() 只能在生成图形后调用，即图形r fig$ref("cars") BELOW 显示...等等不起作用。但仍然是解决我的问题的一个非常好的解决方案。谢谢，

【解决方案5】：

另一种解决方案：

https://github.com/adletaw/captioner

来自自述文件：

captioner() returns a captioner function for each set of figures, tables, etc. that you want to create. See the help files for more details.

For example:

> fig_nums <- captioner()

> fig_nums("my_pretty_figure", "my pretty figure's caption")

"Figure 1: my pretty figure's caption"

> fig_nums("my_pretty_figure", cite = TRUE)

【讨论】：

【解决方案6】：

我在 bookdown 中做了这两个（数字+参考）。我在文件头的输出部分添加了：

output:
  bookdown::html_document2:
    fig_caption : TRUE

然后我在 R 代码块中创建了一个图形，如下所示：

{r, my-fig-label,echo=F, eval=T, fig.align = 'center', fig.cap="This is my caption"}
knitr::include_graphics(here::here("images", "my_image.png"))

这会在您的图形下方生成一个自动编号。可以通过\@ref(fig:my-fig-label)参考。

【讨论】：

【解决方案7】：

使用官方bookdown文档4.10 Numbered figure captions：

---
output: bookdown::html_document2
---

```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```

```{r mtcars, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(mpg ~ hp, mtcars)
```

【讨论】：