如何在 R markdown 中引用图形

【问题标题】：How to refer to a figure in R markdown如何在 R markdown 中引用图形
【发布时间】：2021-01-31 18:52:52
【问题描述】：

我想在 R markdown 代码中引用箱线图。我试图以这种方式成功，但没有成功：

text text text ([Figure 1](#fig1)) text text text

{#fig1}
chunk:
:::
```r 
df$NF <- df$`non-failing heart (NF)`
df$F <- df$`failing heart (F)`
boxplot(df[3:4],
        data=df,
        cex.lab=0.65,
        xlab="Fig. 1 IRE binding activity for non-failing (NF) and failing (F) hearts.",
        ylab="IRE binding activity (%)",
        col="orange",
        border="brown",
        ylim = c(0, 120)
)
```

:::

我的想法是为 R 代码中的图形提供一个 ID，但我不知道如何。

【问题讨论】：

标签： r plot reference r-markdown

【解决方案1】：

使用 bookdown。然后你可以交叉引用数字。

text text (fig. \@ref(fig:blabla))

```{r blabla, fig.cap = "caption"}
plot(1:2, 1:2)
```

更多信息请参见https://bookdown.org/yihui/bookdown/figures.html

【讨论】：

感谢您的帮助，我尝试了您的建议，但它将以这种方式作为文本：(fig.@ref(fig:blabla)))
听起来您没有使用 bookdown 输出格式。选择一种 bookdown 输出格式并构建书籍（而不是编织 Rmd）。
谢谢，但你的意思是我应该在 header 中定义一个 bookdown 输出？
是的，你需要在yaml header中定义一个bookdown输出格式