在 knitr 中，动态更改大小时，图形高度不服从我的 opts_chunk$set 命令答案

【问题标题】：In knitr, figure heights do not obey my opts_chunk$set commands when sizes are changed on the fly在 knitr 中，动态更改大小时，图形高度不服从我的 opts_chunk$set 命令
【发布时间】：2013-07-28 10:29:06
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 包 knitr 创建 HTML 文件，但我发现整个体验非常困难，可能是因为在不使用 LaTeX 时（并且当人们不知道 Sweave 时）文档很少。具体问题是这样的：

我希望在 HTML 文件中生成两个相似的图表，但每个图表的高度必须不同。所以这是我的 RHTML 文件：

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
  <title>TEST</title>
</head>
<body>



<!--begin.rcode
opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=8, dev="png")
  print("Width 9, height 8")
  plot(rnorm(100), col="orange")
end.rcode-->

<hr> 

<!--begin.rcode
opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=12, dev="png")
  print("Width 9, height 12")
  plot(rnorm(100), col="purple")
end.rcode-->

<hr>

</body>
</html>

如您所见，两个（简单）图必须具有相同的宽度（9）但不同的高度（8 然后 12）。这在 R 中非常简单，但 knitr 似乎希望保持纵横比相同。这是两个绘图输出：

如您所见，下面的没有我想要的纵横比，它们是不同的宽度。

另外，我在我的 html 文件的顶部得到了所有这些块输出，我认为我用 echo=FALSE.... 抑制了这些块输出。

我该如何解决所有这些问题？ opts_chunk$set 是否只设置了某种全局选项？如果我想在每次输出新图表时重置选项怎么办？以及如何抑制 all knitr 包输出？

【问题讨论】：

只是对这些问题进行一般故障排除的建议：确保cache = FALSE 并丢弃数字和缓存子文件夹，以确保它们都得到更新。确保在setup 块中设置了尽可能多的选项。然后，只修改它们更改的块中的块选项。此外，我总是将rm(list = ls()) 放在我的设置块中，以使写入全局环境的某些参数不会挂起。此外，排版会产生中间文件 - 也将它们扔掉以强制新副本。最后，你可以看看knitr中的函数spin。
好的，刚刚尝试了所有这些。 rm(列表 = ls());擦除图形目录中的所有png，重新加载浏览器，清除其缓存；没有喜悦。还是一样。由于我实际上并没有排版（它只是 HTML），所以除了“figure”目录之外，您还知道哪些需要清除？顺便问一下，什么是“设置块”？
这并不正式，但很多人使用第一个代码块来设置knitr 和R 选项和设置。例如，它将具有 opts_chunk 和 library("whatever")。此外，如果您依赖全局变量，您就会错过可重复研究的优点。如果可能的话，让您的脚本生成或至少从 csv 或 RData 或类似的东西中获取这些值。
不，全局变量会不断更新，是的，我可能应该将它们移动到另一个文件。问题是，它们每个大约 3 gb（使用 termstrc 的大量且高度复杂的收益率曲线分析列表）。反正上面的超级简单还是不行！
很抱歉给您带来了困惑。我想我需要在文档中解释这种行为。不过，我所有的示例都在第一个块中执行opts_chunk$set()，例如this one

标签： html r knitr

【解决方案1】：

我认为这与反复设置 opts_chunk 有关，尽管我不知道为什么它不应该按照您想要的方式工作。无论如何，这是一个工作示例。我不会发布结果以节省空间，但它看起来像你想要的 - 尺寸得到尊重。

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
  <title>TEST</title>
</head>
<body>

<!--begin.rcode Setup, echo = FALSE
  opts_chunk$set(echo=FALSE, dpi=96, fig.width=9, fig.height=8, dev="png")
end.rcode-->

<!--begin.rcode Fig1
  print("Width 9, height 8")
  plot(rnorm(100), col="orange")
end.rcode-->

<hr> 

<!--begin.rcode Fig2, fig.width=9, fig.height=12
  print("Width 9, height 12")
  plot(rnorm(100), col="purple")
end.rcode-->

<hr>

</body>
</html>

【讨论】：

工作就像做梦一样，除了我必须在设置后加一个逗号，所以在我的系统上，至少第一块行必须读取：