使用 Reticulate 包在 R markdown 中运行 Python 代码

Question

我在 R studio 中运行 Python 代码时遇到问题，该代码在 Python 中运行良好。具体来说，我正在使用 R markdown 并运行以下内容并使用 Reticulate 包在 R studio 中运行 Py 代码，推荐 here

library(tidyverse)
library(stringr)
library(readxl)
library(haven)
library(tidytext)
library(reticulate)
library(ggplot2)
library(lubridate)
#install.packages("lubridate")
#installed.packages("ggplot2")
#install.packages("reticulate")
#install.packages("tidytext")
##install.packages("haven")
#install.packages("tidyverse")
#install.packages("stringr")
#install.packages("readxl")

然后我在 R markdown 块中运行了一个 PY 文件路径，如下所示，没有任何错误：

use_python("Users/Documents/Sentiment Analysis/task.py")

然后在 R markdown 块中运行实际的 Py 代码，如下所示：

#import libraries
import pandas as pd
import seaborn as sns
import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.feature_extraction.text import TfidfVectorizer
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.pipeline import make_pipeline
from sklearn.metrics import accuracy_score,confusion_matrix,ConfusionMatrixDisplay,classification_report

我一直收到这个错误：“错误：“import pandas”中出现意外符号，有什么可能导致这个的想法吗？

根据下面的建议，我在 R markdown 中运行了这个，运行完美：

#import libraries
py_install("pandas")
py_install("seaborn")
py_install("numpy")
py_install("matplotlib.pyplot")
py_install("sklearn.pipeline")

但是当我在 R markdown 中运行它时仍然出现错误： “pd.read_excel('/Users/Documents/df.xlsx') 中的错误： 找不到函数“pd.read_excel”

dataset=pd.read_excel('/Users/Documents/df.xlsx')

Answer 1

我highliy建议在后台使用 Anaconda 环境，您可以在其中安装 python 版本和所需的包。然后只需进入 R Studio 到工具 -> 全局选项 -> Python 并选择您要使用的环境。这种方法会让你很头疼。根据我的经验，通过 R Studio 创建环境或安装包会导致太多错误和故障排除。

Answer 2

请检查python是否可用。 https://rstudio.github.io/reticulate/reference/py_available.html

如果未在您的设置下检查 rstudio 尝试使用的环境。它是否尝试使用 r-reticulate 环境？在这个环境中你有所有必要的包（熊猫等）吗？您还可以直接从 rstudio 安装软件包，例如„py_install（“熊猫”）。

我使用项目所需的包和版本设置 Anaconda 环境，然后在 R Studio 的全局设置中获取我需要的环境。这种方式对我来说总是很好。

Answer 3

我想你在 python 代码中使用了 python 块而不是 r 块？

对于 use_python：“Python 二进制文件的路径。这可以是系统上 Python 二进制文件的路径，也可以是现有 Python 环境中 Python 二进制文件的路径。” 看起来您取而代之的是 py-File。您必须使用 Python 版本。类似的东西：“use_python("/usr/local/bin/python")”。