[R] 中 kableExtra 的突然崩溃

Question

我可能应该指出，我对使用 RMarkdown 和 kableExtra R 包还是很陌生，但是我有一个上周可以编织的文档，尽管文档没有物理变化，但现在不再编织.我收到的错误信息如下

save_kable_latex(x, file, latex_header_includes, keep_tex) 中的错误：我们在尝试使用 magick 读取生成的 PDF 文件时遇到错误。您可以检查您的magick 安装并尝试使用magick::image_read 手动读取PDF 文件。您也可能没有安装 ghostscript。调用 ... -> as_image -> save_kable -> save_kable_latex 执行停止

通过重新安装magick R 包、安装ghostscript（通过Homebrew）等，我已经尝试了所有我能想到的方法。

下面给出的代码块似乎是问题所在，其中tab2 是一个数据框，其中一些元素是LaTeX 表达式，例如"\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )"。

kable( tab2, format="latex", escape=FALSE, align="c", col.names=NULL ) %>%
  kable_styling( latex_options=c('hold_position') ) %>%
  footnote( general="Given x successes out of n trials, the holistic Jeffreys $100*(1-\\\\alpha)\\\\%$ Lower $\\\\textit{Credible}$ Limit is the value $p$ such that $\\\\int_0^p \\\\frac{t^{x+0.5-1}(1-t)^{n-x+0.5-1}}{B(x+0.5,n-x+0.5)} dt = \\\\alpha$ where B(a,b) is the Beta function given by $\\\\int_0^1 t^{(x-1)}(1-t)^{(y-1)} dt$.",
           general_title="", threeparttable = TRUE,
            footnote_as_chunk=TRUE, escape=FALSE ) %>%
  as_image( file="tab2.png", width=8, units="in" )

并稍后在新幻灯片上使用include_graphics() 函数打印到 PDF。

任何帮助将不胜感激，因为这是一个工作演示。

编辑#1

根据要求，这是一个最低工作示例

prob.success <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )
conf.alpha <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )

tab1 <- data.frame( x=0:5, f=round(dbinom(0:5,5,prob.success),3) ) %>%
  mutate( pe=x/5, lcl=qbeta(1-conf.alpha,x+0.5,5-0:5+0.5) ) %>%
  mutate( lcl=pmin(pe,lcl) ) %>%
  mutate( delta=pe-lcl ) %>%
  mutate( f_delta=f*delta )

exp.expr <- "\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )"
exp.delta <- format( round(sum( tab1$f_delta ),4), nsmall=4 )

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) %>%
  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
                    f_delta="f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)"), . )

编辑#2

这些是 .Rmd 文件中使用的 R 包

library( knitr )
library( tibble )
library( magrittr )
library( dplyr )
library( kableExtra )
library( stringr )
library( magick )

Answer 1

在与kableExtra 作者 Hao Zhu 的几封电子邮件之后，有人建议应该使用 HTML 表格（而不是 LaTeX）。结果，以下代码能够成功呈现。非常感谢郝。

对原帖的改动包括

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
#  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) # %>%
#  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
#                    f_delta="f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)"), . )

tab.cols <- c( "x", "f(x)", "pe(x)", "lcl(x)", "pe(x)-lcl(x)",
                "$f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)$" )

kable( tab2, format="html", escape=FALSE, align="c", col.names=tab.cols ) %>%
  kable_styling( "striped", full_width = F, position="center" ) %>%
  footnote( general="Given x successes out of n trials, the holistic Jeffreys $100*(1-\\alpha)\\%$ Lower *Credible* Limit is the value $p$ such that $\\int_0^p \\frac{t^{x+0.5-1}(1-t)^{n-x+0.5-1}}{B(x+0.5,n-x+0.5)} dt = \\alpha$ where B(a,b) is the Beta function given by $\\int_0^1 t^{(x-1)}(1-t)^{(y-1)} dt$.",
           general_title="Note:", footnote_as_chunk=TRUE, escape=FALSE )

Answer 2

您似乎错过了表格中的 $ 标记。

prob.success <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )
conf.alpha <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )

tab1 <- data.frame( x=0:5, f=round(dbinom(0:5,5,prob.success),3) ) %>%
  mutate( pe=x/5, lcl=qbeta(1-conf.alpha,x+0.5,5-0:5+0.5) ) %>%
  mutate( lcl=pmin(pe,lcl) ) %>%
  mutate( delta=pe-lcl ) %>%
  mutate( f_delta=f*delta )

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"  # <- Here
exp.delta <- format( round(sum( tab1$f_delta ),4), nsmall=4 )

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) %>%
  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
                    f_delta="$f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)$"), . )  # <- And here