R Markdown HTML数字数字

Question

有谁知道如何为 HTML 格式 R Markdown 脚本的标题中的数字编号？

对于 PDF 文档，标题会这样写：

图 X：一些说明文字

但是，HTML 版本的等效标题会简单地说：

一些说明文字

这使得按数字交叉引用数字完全没用。

这是一个最小的例子：

---
title: "My Title"
author: "Me"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---

```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```


```{r cars2, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(cars)
```

我尝试在每种输出格式中设置toc、fig_caption 和number_sections，但这似乎并没有改变结果。

Answer 1

提供的其他答案相对已过时，此后使用 bookdown 包变得非常容易。这个包提供了许多改进，包括内置的 Word、HTML 和 PDF 数字编号。

为了能够使用bookdown，您需要先安装包install.packages("bookdown")，然后使用output formats 之一。对于 HTML，这是html_document2。以你为例：

---
title: "My Title"
author: "Me"
date:  "1/1/2016"
output: bookdown::html_document2
---


```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```


```{r cars2, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(cars)
```

这些数字将编号为Figure 1 和Figure 2。如果代码块被命名并有标题，我们可以使用语法\@ref(fig:foo)交叉引用输出，其中foo是块的名称，即\@ref(fig-cars)。您可以了解有关此行为的更多信息here

进一步阅读

• R Markdown: The definitive Guide：第 11 章提供了一个很好的 bookdown 概述
• Authoring books with bookdown 提供全面的订书指南，建议了解更高级的详细信息。

Answer 2

所以除非有人有更好的解决方案，否则这是我想出的解决方案，这种方法存在一些缺陷（例如，如果图形/表格编号取决于节编号等...），但对于基本的 html 文档，它可以工作。

在文档顶部的某处，运行：

```{r echo=FALSE}
#Determine the output format of the document
outputFormat   = opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to")

#Figure and Table Caption Numbering, for HTML do it manually
capTabNo = 1; capFigNo = 1;

#Function to add the Table Number
capTab = function(x){
  if(outputFormat == 'html'){
    x = paste0("Table ",capTabNo,". ",x)
    capTabNo <<- capTabNo + 1
  }; x
}

#Function to add the Figure Number
capFig = function(x){
  if(outputFormat == 'html'){
    x = paste0("Figure ",capFigNo,". ",x)
    capFigNo <<- capFigNo + 1
  }; x
}
```

然后在你的文档过程中，如果说你想绘制一个图形：

```{r figA,fig.cap=capFig("My Figure Caption")
base = ggplot(data=data.frame(x=0,y=0),aes(x,y)) + geom_point()
base
```

如果您需要表格标题，请将上面的 capFig 替换为 capTab。

Answer 3

我们可以使用pandoc-crossref，这是一个过滤器，它允许交叉引用图形、表格、部分和方程式，并且适用于所有输出格式。最简单的方法是在每个绘图之后cat 图形标签（以{#fig:figure_label} 的形式），尽管这需要echo=FALSE 和results='asis'。然后我们可以像引用一样引用一个图：[@fig:figure_label] 默认生成fig. figure_number。

这是一个 MWE：

---
output: 
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
    fig_caption: true
    pandoc_args: ["-F","pandoc-crossref"]
---

```{r}
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE,results='asis')

```


```{r plot1,fig.cap="This is plot one"}
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
plot(x,y)
cat("{#fig:plot1}")

```

As we can see in [@fig:plot1]... whereas [@fig:plot2] shows...

```{r plot2, fig.cap="This is plot two"}
plot(y,x)
cat("{#fig:plot2}")

```

产生（删除图形

情节1

图 1：这是情节一

如图所示。 1……而图。 2 场演出……

情节2

图 2：这是情节二

有关更多选项和自定义，请参阅pandoc-crossref readme。

要安装 pandoc-crossref，假设你有一个 haskell 安装：

cabal update
cabal install pandoc-crossref

Answer 4

我使用类似于上面 Nicholas 发布的解决方案来解决交叉引用问题。我在一些项目中使用 bookdown，但我发现在我只想简单交叉引用的其他项目中使用它很尴尬。

我在使用 rmarkdown 撰写论文时使用以下内容，并且我希望它以标准格式提交给期刊。最后我想要一个图例，然后是表格，然后我会有表格和数字。在我写作的时候，我只是粗略地知道这些数字在文本中的引用顺序。我只想用 fig:foobar 之类的文本代码引用它们，并在文本中根据外观分配数字。当我查看图形图例列表时，我会看到放置图例的顺序，并会根据需要移动图例。

这是我的结构。

我有一个 R 包，里面有我需要的东西，比如各种参考书目和辅助 R 函数。在那个包中，我有以下函数，它使用在主 Rmd 环境中定义的一些变量： .rmdenvir 和 .rmdctr 。

ref <- function(useName) {
require(stringr)
if(!exists(".refctr")) .refctr <- c(`_` = 0)
if(any(names(.refctr)==useName)) return(.refctr[useName])
type=str_split(useName,":")[[1]][1]
nObj <- sum(str_detect(names(.refctr),type))
useNum <- nObj + 1
newrefctr <- c(.refctr, useNum)
names(newrefctr)[length(.refctr) + 1] <- useName
assign(".refctr", newrefctr, envir=.rmdenvir)
return(useNum)
}

它假定我用 cntname:foo 之类的名称来命名我想要引用的东西，例如 fig:foo。它为每个计数器制作了一个新计数器，如果需要，我可以即时（在写作时）制作新的计数器。

在我的主 Rmd 文件中，我有一些设置行：

    ```{r setup_main}
    require(myPackageforPapers)
    # here is where the variables needed by ref() are defined.
    .rmdenvir = environment()
    .refctr <- c(`_` = 0)
    ````

在正文中我使用以下内容

    You can see what I am trying to show in Figure `r ref("fig:foo")`
    and you can see it also in Tables `r ref("tab:foo")` 
    and A`r ref("tabappA:foobig")`.

获得“您可以在图 1 中看到我想要展示的内容，并且您也可以在表 1 和 A1 中看到它。”虽然数字可能不是 1；要使用的数字将动态确定。第一次引用图形、表格或任何我计算的东西时，我不必使用特殊功能。 ref() 通过查看标签是否已经存在来解决这个问题。如果不是，它分配下一个数字，并返回它。所以你不必在一个地方使用“label”而在另一个地方使用“ref”。

在写作过程中，我可能会认为附录 A 太大了，我会将一些表格拆分为附录 B。我需要做的就是将上面的内容更改为

    You can see what I am trying to show in Figure `r ref("fig:foo")`
    and you can see it also in Tables `r ref("tab:foo")` 
    and B`r ref("tabappB:foobig")`.

我只是指定了一个新的计数器名称“tabappB”，其数字是动态确定的。

在我的 Rmd 文件的末尾，我有一个看起来像的图形列表

    # Figure Legends

    Figure `r ref("fig:foo")`. This is the legend for this figure.

    Figure  `r ref("fig:foo2")`. This is the legend for another figure.

然后我的表格看起来像这样

    ```{r print-tablefoo, echo=FALSE}
    tablefoo=mtcars
    thecap = "Tables appear with a legend while figures do not."
    fullcap = paste("Table ", ref("tab:foo"), ". ", thecap, sep="")
    kable(tablefoo, caption=fullcap)
    ```

然后是这样的数字：

    ```{r fig-foo, echo=FALSE, fig.cap=paste("Figure",ref("fig:foo"))}
    plot(1,1)
    ```

附录 A 是作为子项包含的 Rmd 文件。它会有像

这样的表格

    ```{r print-tableAfoo, echo=FALSE}
    tablefoo=mtcars
    thecap = "This is a legend."
    fullcap = paste("Table A", ref("tabappA:foobig"), ". ", thecap, sep="")
    kable(tablefoo, caption=fullcap)
    ```

我确实必须添加“A”才能获得表 A1，但我发现如果 R 在标记我的计数器方面对我没有太多考虑，我会发现它会更容易。我只是希望它返回正确的数字。

交叉引用适用于 html、pdf/latex 或 word。我很乐意坚持使用乳胶解决方案，但我的合著者使用 word，所以我需要一个适用于 pandoc 和 word 的解决方案。此外，有时我想要 html 或其他一些输出，我需要一个适用于任何与 rmarkdown 一起使用的输出的解决方案。