【问题标题】：How to get a second bibliography?如何获得第二个参考书目？
【发布时间】：2018-09-17 08:07:08
【问题描述】：

在rmarkdown PDF 和 HTML 中，我想要两个参考书目——一个用于论文/书籍，一个用于我在研究中使用的软件。我找到了this related issue，但它没有回答我的问题，因为它涉及将两个 *.bib 文件组合成一个书目。

我习惯用<div id="refs"></div> 来放置我的参考书目，正如here 所解释的那样。可能第二个可以与<div id="refs_2"></div> 类似地放置，但我不知道该怎么做，因为这个"refs" 似乎没有在任何地方定义。

我通常是这样在 YAML 头文件中定义软件的

nocite: |
    @xie_knitr:_2018, @allaire_rmarkdown:_2018, @rstudio_team_rstudio:_2016, 
    @r_development_core_team_r:_2018

所以我不必每次都不断地将其复制粘贴到 *.bib 文件中（这适用于一个参考书目）。理想情况下，这个nocite:-list 将显示为一个新的书目，标题为“软件”，但我也对两个 *.bib 文件的解决方案感到满意。

预期的输出会是这样的：

以前有没有人这样做过并能解释一下如何做到这一点？

【问题讨论】：

我之前考虑过做类似的事情（希望我现在已经将它发布在 Stackoverflow 上，因为这是一个很好的问题）。根据我的经验，您最好的选择是研究 LaTeX 解决方案，因为我不认为 pandoc-citeproc 有能力做到这一点。希望有时间帮助找到合适的 RMarkdown 解决方案，因为我过去从来没有任何工作。

标签： r r-markdown pandoc

【解决方案1】：

这并非完全无关紧要，而是可能的。以下使用 pandoc Lua 过滤器和 pandoc 2.1.1 及更高版本中可用的功能。您必须升级到最新版本才能使其正常工作。

通过将其添加到文档的 YAML 部分来使用过滤器：

---
output:
  bookdown::html_document2:
    pandoc_args: --lua-filter=multiple-bibliographies.lua
bibliography_normal: normal-bibliography.bib
bibliography_software: software.bib
---

然后添加 div 以标记参考书目应该包含在文档中的位置。

# Bibliography

::: {#refs_normal}
:::

::: {#refs_software}
:::

每个refsX div 的标题中都应该有一个匹配的bibliographyX 条目。

Lua 过滤器

Lua 过滤器允许以编程方式修改文档。我们使用它来单独生成参考部分。对于每个看起来应该包含引用的 div（即，其 ID 为 refsX，X 为空或您的主题名称），我们创建包含所有引用和引用 div 的临时虚拟文档，但其中 bibliography 设置为 bibliographyX 的值。这允许我们为每个主题创建参考书目，同时忽略所有其他主题（以及主要参考书目）。

上述步骤无法解析实际文档中的引用，因此我们需要单独执行此操作。将所有 bibliographyX 折叠到 bibliography 元值中并在完整文档上运行 pandoc-citeproc 就足够了。

-- file: multiple-bibliographies.lua

--- collection of all cites in the document
local all_cites = {}
--- document meta value
local doc_meta = pandoc.Meta{}

--- Create a bibliography for a given topic. This acts on all divs whose ID
-- starts with "refs", followed by nothings but underscores and alphanumeric
-- characters.
local function create_topic_bibliography (div)
  local name = div.identifier:match('^refs([_%w]*)$')
  if not name then
    return nil
  end
  local tmp_blocks = {
    pandoc.Para(all_cites),
    pandoc.Div({}, pandoc.Attr('refs')),
  }
  local tmp_meta = pandoc.Meta{bibliography = doc_meta['bibliography' .. name]}
  local tmp_doc = pandoc.Pandoc(tmp_blocks, tmp_meta)
  local res = pandoc.utils.run_json_filter(tmp_doc, 'pandoc-citeproc')
  -- first block of the result contains the dummy para, second is the refs Div
  div.content = res.blocks[2].content
  return div
end

local function resolve_doc_citations (doc)
  -- combine all bibliographies
  local meta = doc.meta
  local orig_bib = meta.bibliography
  meta.bibliography = pandoc.MetaList{orig_bib}
  for name, value in pairs(meta) do
    if name:match('^bibliography_') then
      table.insert(meta.bibliography, value)
    end
  end
  doc = pandoc.utils.run_json_filter(doc, 'pandoc-citeproc')
  doc.meta.bibliography = orig_bib -- restore to original value
  return doc
end

return {
  {
    Cite = function (c) all_cites[#all_cites + 1] = c end,
    Meta = function (m) doc_meta = m end,
  },
  {Pandoc = resolve_doc_citations,},
  {Div = create_topic_bibliography,}
}

我将过滤器作为官方支持的Lua filters collection 的一部分发布。请参阅此处以获取更完整的最新版本，该版本也尊重 csl 和 nocite 设置。

有关 Lua 过滤器的更多信息和详细信息，请参阅R Markdown docs。

【讨论】：