R中的for循环问题答案

【问题标题】：For loop question in RR中的for循环问题
【发布时间】：2011-06-10 07:34:18
【问题描述】：

希望我能很好地解释我的问题以获得答案 - 任何帮助将不胜感激。

如果数据文件需要合并为一个，我有一个编号。我使用 for 循环来执行此操作并添加一个列来指示它是哪个文件。

在这种情况下，有 6 个文件，每个文件最多包含 100 个数据条目。

当有 6 个文件时，我可以毫无问题地运行它。

但是当数量减少时，我就有问题了。

我想做的是使用 for 循环来测试文件，并使用 for 循环变量来组装一个引用存在文件的向量。

我似乎无法让新变量在 for 循环变量通过循环时组合它的新值。

这是我目前编写的示例代码。

for ( rloop1 in 1 : 6) {
ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
if (file.exists(ReadFile))
**files_found <- c(rloop1)**
}

我正在寻找的是 files_found 将包含那些 1...6 对找到的文件有效的文件。

问候史蒂夫

【问题讨论】：

标签： r file for-loop

【解决方案1】：

我认为有更好的解决方案（例如，您可以使用 list.files() 扫描文件夹，然后循环返回对象的长度），但这应该（我没有尝试过）可以解决问题（使用您的示例代码）：

files.found <- ""    
for (rloop1 in 1 : 6) {
    ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
    if (file.exists(ReadFile)) files_found <- c(files.found, rloop1)
}

或者，您可以通过以下方式获取文件名（除了它们的索引）：

files.found <- ""    
for (rloop1 in 1 : 6) {
    ReadFile=paste(rloop1,SampleName,"_",FileName,"_Stats.csv", sep="")
    if (file.exists(ReadFile)) files_found <- c(files.found, ReadFile)
}

最后，在您的情况下，list.files 可能看起来像这样：

files.found <- list.files(pattern = "[[:digit:]]_SampleName_FileName_Stats.csv")

【讨论】：

+1 表示list.files() 指针和正则表达式。在正则表达式中，SampleName 和 FileName 不是文字，而是 R 对象中的字符串，至少这是我对 Q 的解读。
@Gavin 我也在阅读。或许我应该澄清一下SampleName 和FileName 应该用它们的值替换，不能是变量。

【解决方案2】：

正如 Henrik 所展示的，使用 list.files() 有一种更短的方法来执行此操作。如果您不熟悉正则表达式（请参阅?regex），您可以这样做。

n <- 6
Fnames <- paste(1:n,SampleName,"_",FileName,"Stats.csv",sep="")
Filelist <- Fnames[file.exists(Fnames)]

这是完全等价的。 paste 和 file.exists 都是矢量化函数，所以你最好利用它。根本不需要 for 循环。

要获取文件名的数量（假设这是唯一的数字），您可以这样做：

gsub("^[:digit:]","", Filelist)

另见?regex

【讨论】：

是的，我同意 file.exists 的矢量化版本比 for 循环更漂亮。但是，从我的角度来看，list.files() 更好，因为您将所有内容都集中在一行中......（尽管如此 +1）
是的 SampleName 和 FileName 是字符串。有一点，我希望获得与找到的每个文件相关联的编号，因为我需要为该文件中的所有记录添加一个具有该编号的文件的列。有什么想法吗？
@Steve 我在我的回答中添加了它。
@Joris - 谢谢。已经尝试过您的 gsub，我认为将数字更正为数字（这是一个拼写错误），但无论哪种方式都只能获取 Filelist 中的所有适用文件。查看了 regxex 信息，但发现它很混乱。如果您有时间看一看并指导我，那就太好了。为了澄清字符串是否为“3A_SampleName_FileName_stats.csv”，我会得到 3，如果是“2A .....”，我会得到 2 等
@Steve：不错，抱歉打错了。尝试gsub("^(.+?)_.+","\\1",Filelist)，假设您有 3A_SampleName_... 作为文件名并再次仔细阅读 ?regex。这不是简单的材料，但是一旦掌握了它，它就会非常强大。试着找出不同的例子。在旁注中，您可能需要考虑接受一个正确的答案（使用左侧的 V 符号）。另请参阅常见问题解答

【解决方案3】：

列出要加载的文件可能会更好，然后遍历该列表以加载它们。 list.files 是你的朋友。我们可以使用正则表达式仅列出那些以"_Stats.csv" 结尾的文件。例如，在我当前的工作目录中，我有以下文件：

$ ls | grep Stats
bar_Stats.csv
foobar_Stats.csv
foobar_Stats.csv.txt
foo_Stats.csv

其中只有三个是我要加载的 csv 文件（.txt 文件与您显示的模式不匹配）。我们可以使用list.files()获取这些文件名：

> list.files(pattern = "_Stats.csv$")
[1] "bar_Stats.csv"    "foo_Stats.csv"    "foobar_Stats.csv"

然后您可以遍历它并读取其中的文件。类似于：

fnames <- list.files(pattern = "_Stats.csv$")
for(i in seq_along(fnames)) {
    assign(paste("file_", i, sep = ""), read.csv(fnames[i]))
}

这将在全局工作区中创建一系列对象file_1、file_2、file_3 等。如果你想要列表中的文件，你可以用lapply 代替fnames：

lapply(fnames, read.csv)

如果合适，do.call 可能有助于合并列表中的文件：

do.call(rbind, lapply(fnames, read.csv))

【讨论】：

list.files + grep + lapply + do.call 在我的书中是一个成功的组合。