R：如何编写循环来获取矩阵？答案

【问题标题】：R: how to write a loop to get a matrix?R：如何编写循环来获取矩阵？
【发布时间】：2011-09-26 04:14:53
【问题描述】：

感谢 diliop 为我之前的问题提出的精彩解决方案。

How to get pair-wise "sequence similarity score" for ~1000 proteins?

为了建立这个答案，我尝试编写一个循环来使用以下代码获取 1000 种蛋白质的所有成对“序列相似性得分”。

for (i in 1:1000){
score <- score(pairwiseAlignment(seqs[[i]]$seq, seqs[[i+1]]$seq, substitutionMatrix=BLOSUM100, gapOpening=0, gapExtension=-5))}

但是，我很难将每个分数转换为data.frame，像这样自动列出所有分数？

seq1 seq2 score
seq1 seq3 score
seq1 seq4 score
....
seq1000 seq1000 score

专家能否给我更多提示如何获得 1000 x 1000 蛋白质？

【问题讨论】：

score的结构（str）是什么？
我将请求解释为如何构建一个 data.frame，它使用函数 score(pairwiseAlignment(...)) 从 seq1 和 seq2 的值计算 score
How to improve this code for getting pairwise ?的可能重复

标签： r for-loop

【解决方案1】：

这似乎是您可以使用 expand.grid 完成并应用的任务：

seqs <-c("seq1","seq2","seq3"); dat <- expand.grid(seqs,seqs, stringsAsFactors=FALSE)
dat
apply(dat, 1, function(seq) paste(seq[1], seq[2], sep="--") )
#[1] "seq1--seq1" "seq2--seq1" "seq3--seq1" "seq1--seq2" "seq2--seq2" "seq3--seq2" "seq1--seq3"
#[8] "seq2--seq3" "seq3--seq3"

诚然，如果函数为 f(seq1,seq2) 返回与 f(seq2,seq1) 相同的值，则存在重复工作，但如果您想提高效率，可以限制第一个参数的应用：

 datr <- dat[dat[,1] > dat[,2] , ]

因此，如果您制作了这样一个受限行数据框，datr，那么也许：

datr$score <-  apply(datr, 1 , function(seq) {
                     score(pairwiseAlignment( seq[1], seq[2], 
                     substitutionMatrix=BLOSUM100, gapOpening=0, gapExtension=-5)) }

（对最后一行中的参数一无所知。你真的应该学会在你的示例中放入一些真实数据，并使用library 或require 调用列出所需的包。）

【讨论】：