R中的子集S4矩阵答案

【问题标题】：Subsetting S4 matrix in RR中的子集S4矩阵
【发布时间】：2020-06-08 07:14:25
【问题描述】：

我有一个名为 T2 的 [4 x 5] 矩阵：

T2 <- new("dgTMatrix",
      i = as.integer(c(1,1,0,3,3)),
      j = as.integer(c(2,2,4,0,0)), x=10*1:5, Dim=4:5)

colnames(T2) <- c("Anthony", "Benjamin", "Clara", "Dexter", "Elise")



abc <- data.frame(c("Anthony", "Benjamin"))
colnames(abc) <- c("Names")

我想对其进行子集化以获得 [4 x 2] 矩阵：

T2.s1 <- subset.matrix(T2, colnames(T2) %in% abc$Names)

有人知道为什么这不起作用吗？

非常感谢，

阿比盖尔

【问题讨论】：

请查看How to make a great R reproducible example，以修改您的问题，并从您的数据中提取更小的样本（查看?dput()）。发布您的数据或没有数据的图像会使我们难以为您提供帮助！
好的，我会试试的！
expr_matrix 不是matrix 类，而是dgTMatrix 类，它没有subset 函数定义（AFAIK）。为什么不使用expr_matrix[, colnames(expr_matrix) %in% barcode_file.s1$barcode]？
我试着做一个可重现的例子，但我不知道它有多棒！谢谢@emilliman5。你的脚本现在给了我一个 [33694 x 0] 矩阵，所以我快到了:-)

标签： r matrix subset sparse-matrix

【解决方案1】：

它不是data.frame，所以不能使用subset，sparseMatrix没有subset方法。

就像你对矩阵做的那样子集化它：

 T2[,colnames(T2) %in% abc$Names]
4 x 2 sparse Matrix of class "dgTMatrix"
     Anthony Benjamin
[1,]       .        .
[2,]       .        .
[3,]       .        .
[4,]      90        .

【讨论】：

感谢您一直帮助我@StupidWolf！