将/lapply 函数应用于矩阵中的所有列

Question

我有一个名为 seq$num 的矩阵，由 100 列和 30k 行组成。每列对应一个特定样本的名称（例如 CAGTCA），每一行都是一个数值。使用这种类型的对象，我可以访问第一行写入 seq$num[[1]] 等其他行。这是我的数据库的一个简短示例：

CAGTCA	AGATCA	GCTCGA	GCTCGA
-0.4930	-2.0330	0.7100	0.1560
1.0030	0.0120	-1.0433	0.6701
0.0013	1.0013	1.2451	-1.3421

我想使用 lapply 函数遍历所有样本并对每个样本进行分类：

• 1.5 以上的数字为“高”。
• 低于 0 的数字为“低”。
• 0 到 1.5 之间的数字为“中”。

那么我还需要注意有多少高、低和中等数字有样本。

如何做到这一点？我尝试应用 lapply 函数，但没有得到我想要的输出。

Answer 1

您可以编写一个将数据分类的函数。

classify <- function(x) ifelse(x >= 1.5, 'high', ifelse(x < 0, 'low', 'medium'))

对于seq$num 中的每个数据帧，对其应用classify 函数并使用table 进行计数。

res <- lapply(seq$num, function(x) table(classify(as.matrix(x))))