如何在同一数据帧上使用 ggplot 循环/生成许多图答案

【问题标题】：How to loop/generate many plots using ggplot on the same data frame如何在同一数据帧上使用 ggplot 循环/生成许多图
【发布时间】：2021-12-02 17:35:58
【问题描述】：

我有一个很长的结果数据框。有 148 次曝光和 148 次结果，每一次都相对于另一次进行了回归（148*148 = 21,904 - df 中的行数）。

我想针对 148 个结果绘制每次曝光的结果 - 所以我想要总共 148 个图。下面的代码对一次曝光执行此操作并生成一个图。

**问题：**如何最好地为所有 148 次曝光执行此操作并导出为多页 PDF 和/或单独的 PDF 文件？

# libraries 

library(qs)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrepel)

# make data

set.seed(15)
res_df <- data.frame(exp = randomStrings(N = 148, string_size = 4))
res_df <- data.frame(res_df[rep(seq_len(nrow(res_df)), each = 148), ])
colnames(res_df)[1] <- "exp"
res_df <- mutate(res_df, y = randomStrings(N = 148, string_size = 5),
                 logp = abs(rnorm(n = 148, mean = 5, sd = 6)),
                 r = rnorm(n = 148, mean = 0.5, sd = 0.1))

# subset df for individiual plot

subset <- res_df[1,1]
res_df_a <- subset(res_df, exp == subset)

# PLOT

ggplot(res_df_a, aes(x = r, y = logp, label = y)) +
  geom_point(data = res_df_a[res_df_a$logp < 10,], color = "grey50") +
  geom_text_repel(data = res_df_a[res_df_a$logp > 10,], box.padding = 0.5, max.overlaps = Inf) +
  geom_point(data = res_df_a[res_df_a$logp > 10,], color = "red")+
  xlab("Variance explained (%)") + ylab("-log10(pvalue)") +
  ggtitle("y ~ exp")

【问题讨论】：

标签： r loops ggplot2

【解决方案1】：

我没有使用您的示例，而是在下面提供了一个使用合成数据集的更简单示例。多页pdf的关键是在打开pdf设备时使用参数onefile = TRUE：

# required libraries ------------------------------------------------------
library(ggplot2)

# make data ---------------------------------------------------------------
set.seed(1)
df <- data.frame(x = cumsum(rnorm(10)), y = cumsum(rnorm(10)))

# make sequential plot and send output to pdf device ----------------------
pdf("plotseq.pdf", width = 5, height = 5, onefile = TRUE)
for(i in seq(nrow(df))){
  p <- ggplot(df) + aes(x = x, y = y) +
    geom_point(shape = 1) + 
    geom_point(data = df[i,]) + 
    labs(title=paste("i =", i))
  print(p)
}
dev.off()

【讨论】：

感谢您的回复。使用我的示例，这种方法将给我 21,904 个不同的图，因为它是按行循环的？我想循环曝光（148 次曝光）。

【解决方案2】：

我最终通过从一个大的 df 制作数据帧列表然后绘制每个 df 并保存来设法找出答案。使用上面的代码制作数据然后：

library(gridExtra)
# make list of data frames

obs_lists <- split( res_df , f = res_df$exp )

# plot each df within the list and write out to PDFs

p <- lapply(obs_lists, function(d) ggplot(
  data = d, aes(x = r, y = logp)) + geom_point()
)

# 6 per page
ggsave("multi.pdf", gridExtra::marrangeGrob(grobs = p, nrow=3, ncol=2, top = NULL))

# 1 per page 
pdf("single.pdf", onefile = TRUE)
p
dev.off()

【讨论】：