执行.py文件，在for循环中调用python函数

Question

我有一个函数“plot_rdm”，它创建一个绘图并将其保存为“rdm.png”。我希望形成其中的几个图，每个图都使用不同的 .json 文件 - 所以我将函数 plot_rdm 保存在“plotrdm.py”中。

在 saverdm.py 文件中 - 我定义了要从中创建绘图的 .json 文件的文件路径，然后调用 plot_rdm 函数，循环遍历我要从中创建绘图的所有文件：

#import libraries
import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy
import scipy.spatial
import scipy.spatial.distance as sd
from scipy.spatial.distance import squareform
import os
import json 

# define fpath 
#i.e. fpath[0] will be the first filepath... 

path = './RDM_researchproject' 
rootdir = path
filepath = []
for subdir, dirs, files in os.walk(rootdir):
    for file in files:
        if file.startswith('Meadows'):
            count=0 # count default
            filepath.append(os.path.join(subdir, file))
            fpath = filepath[count]
            os.system("/home/taran/RDM_researchproject/AVIMA/plotrdm.py")
            count +=1      

带有plot_rdm函数的plotrdm.py文件如下：

def plot_rdm(fpath):
    import numpy as np
    import matplotlib
    import matplotlib.pyplot
    import matplotlib.pyplot as plt
    import scipy
    import scipy.spatial
    import scipy.spatial.distance as sd
    from scipy.spatial.distance import squareform
    import json 
    
    with open(fpath) as fhandle:
        data = json.load(fhandle)
     #inspect rdm stimuli labels 
    stim = data['stimuli']

    #contain all labels for y axis and x axis seperately  
    y_names = []
    for i in stim:
        y_names.append(i['name'])

    x_names = []
    for i in stim:
        x_names.append(i['name'])

    #create rdm array and squareform 
    rdm_array = np.array(data['rdm'])
    srdm = squareform(rdm_array)

    #label x and y axis on rdm 
    fig, ax = plt.subplots()
    rdm = ax.imshow(srdm)

    ax.set_xticks(np.arange(len(x_names)))
    ax.set_yticks(np.arange(len(y_names)))

    ax.set_xticklabels(x_names)
    ax.set_yticklabels(y_names)
    plt.setp(ax.get_xticklabels(), rotation=90, ha="right", rotation_mode="anchor")
    plt.plot(srdm)
    plt.imshow(srdm)
    plt.colorbar(mappable = None, cax = None, ax = None)
    fig.subplots_adjust(bottom=0.23)
import matplotlib.pyplot as plt
plt.savefig('rdm.png')

我可以单独创建图（即，当我不调用 plot_rdm 函数并循环文件但我每次都指定文件路径时）。但是当我使用以下代码时，我会在 AVIMA 文件夹中形成一个空图。我不确定 saverdm 文件有什么问题导致这种情况发生？

https://github.com/Taranks7/RDM_researchproject如果我还没有很好地解释发生了什么，这就是我正在做的项目。

谢谢

Answer 1

当你想从另一个文件调用一个python函数时，你不应该尝试通过调用os.system来运行另一个python进程。只需导入该功能： from plotrdm import plot_rdm

除了使用os.filewalk 和file.startswith 检查之外，我们还可以使用漂亮的python 库glob 来大量清理代码。我投了一个enumerate 以作好衡量。

您的新 rdmsave.py

import glob

from plotrdm import plot_rdm

basedir = "."

if __name__ == "__main__":
    count = 0
    for count, path in enumerate(sorted(glob.glob(f'{basedir}/**/Meadow*.json', recursive=True)), start=1):
        print(f"processing {path}")
        output_image = f'rdm_{count - 1:02}.png'
        print(f"output image will be {output_image}")
        plot_rdm(path, output_image)
    print(f"processed {count} files")

请注意，您可能需要将basedir 改回您的本地路径。

你的 plotrdm.py 变成：

import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy
import scipy.spatial
import scipy.spatial.distance as sd
from scipy.spatial.distance import squareform
import json
import matplotlib.pyplot as plt


def plot_rdm(fpath, output_filename):
    with open(fpath) as fhandle:
        data = json.load(fhandle)
        # inspect rdm stimuli labels

    stim = data['stimuli']

    # contain all labels for y axis and x axis seperately
    y_names = []
    for i in stim:
        y_names.append(i['name'])

    x_names = []
    for i in stim:
        x_names.append(i['name'])

    # create rdm array and squareform
    rdm_array = np.array(data['rdm'])
    srdm = squareform(rdm_array)

    # label x and y axis on rdm
    fig, ax = plt.subplots()
    rdm = ax.imshow(srdm)

    ax.set_xticks(np.arange(len(x_names)))
    ax.set_yticks(np.arange(len(y_names)))

    ax.set_xticklabels(x_names)
    ax.set_yticklabels(y_names)
    plt.setp(ax.get_xticklabels(), rotation=90, ha="right", rotation_mode="anchor")
    plt.plot(srdm)
    plt.imshow(srdm)
    plt.colorbar(mappable=None, cax=None, ax=None)
    fig.subplots_adjust(bottom=0.23)

    plt.savefig(output_filename)

我将第二个参数output_filename 添加到plot_rdm 函数中，以便将每个图像存储在一个新文件中。

我机器上的输出显示

processing ./5/Meadows_avima-image-version1_v_v2_vital-macaw_2_tree.json
output image will be rdm_00.png
processing ./4/Meadows_avima-image-version1_v_v2_quick-louse_2_tree.json
output image will be rdm_01.png
processing ./1/Meadows_avima-image-version1_v_v2_better-hound_2_tree.json
output image will be rdm_02.png
processing ./3/Meadows_avima-image-version1_v_v2_huge-falcon_2_tree.json
output image will be rdm_03.png
processing ./2/Meadows_avima-image-version1_v_v2_guided-koi_2_tree.json
output image will be rdm_04.png
processed 4 files

并在当前文件夹中创建了4个png文件。