R中的统一绘图点——研究/硬件

Question

这是我正在为我的公共卫生硕士课程所做的研究

我正在绘制数据，一个标准的 x,y 类型的交易，除此之外，我正在绘制一条预测线。我得到了我认为最时髦的点/箱线图，x 轴是半填充的，我不明白为什么，因为我不调用箱线图函数。当我调用绘图函数时，我的理解是只有点会绘图。

我正在绘制的数据看起来像这样

TOTAL.LACE | DAYS.TO.FAILURE
9          | 15
16         | 7
...        | ...

TOTAL.LACE 的范围是 0 到 19，DAYS.TO.FAILURE 是 0 - 30

我的代码如下，可能是剧情之前的东西，但我不认为是：

# To control the type of symbol we use we will use psymbol, it takes
# value 1 and 2
psymbol <- unique(FAILURE + 1)

# Build a test frame that will predict values of the lace score due to
# a patient being in a state of failure
test <- survreg(Surv(time = DAYS.TO.FAILURE, event = FAILURE) ~ TOTAL.LACE,
                dist = "logistic")

pred <- predict(test, type="response") <-- produces numbers from about 14 to 23
summary(pred) 

ord <- order(TOTAL.LACE)
tl_ord <- TOTAL.LACE[ord]
pred_ord <- pred[ord]
plot(TOTAL.LACE, DAYS.TO.FAILURE, pch=unique(psymbol)) <-- Produces goofy graph
lines(tl_ord, pred_ord) <-- this produces the line not boxplots

这是生成的图片

不确定如何从这里开始，这是我在使用相同数据集at this link here 时遇到的另一个问题的一个分支，我不明白为什么要绘制箱线图，原因是我没有专门调用boxplot() 命令，所以我不知道为什么它们会与点图一起出现。当我发出以下命令时：plot(DAYS.TO.FAILURE, TOTAL.LACE) 我只能像我预期的那样在结果图上得到点，但是当我改变在x 和y 上绘制的顺序时，箱线图就会出现，这对我来说是出乎意料的.

这是一个示例数据的链接，希望能帮助重现@Dwin et all Some Sample Data所指出的问题

谢谢，

Answer 1

由于您没有reproducible example，因此很难提供适合您情况的答案。这里我生成了一些看起来有点相似的数据：

set.seed(4)
TOTAL.LACE      <- rep(1:19, each=1000)
zero.prob       <- rbinom(19000, size=1, prob=.01)
DAYS.TO.FAILURE <- rpois(19000, lambda=15)
DAYS.TO.FAILURE <- ifelse(zero.prob==1, DAYS.TO.FAILURE, 0)

这是情节：

首先，某些类别没有打印在 x 轴上的问题是因为它们不适合。当您有这么多类别时，要使它们都适合，您必须以较小的字体显示它们。执行此操作的代码是使用 cex.axis 并将值设置为 here 的更多信息）：

boxplot(DAYS.TO.FAILURE~TOTAL.LACE, cex.axis=.8)

至于为什么你的情节是“愚蠢”或“时髦”的问题，这有点难以说清楚，因为这些术语相当模糊。我的猜测是，您需要更清楚地了解箱线图的工作原理，然后了解这些图告诉您有关数据分布的信息。在boxplot 中，框的中线是数据的第 50 个百分位，而框的底部和顶部是第 25 个和第 75 个百分位。通常，“晶须”将延伸到最远的数据点，即 最多 1.5 倍的四分位间距超出框的末端。在您的情况下，对于前 9 个TOTAL.LACEs，超过 75% 的数据是 0，因此没有盒子，因此不可能有胡须。超出晶须限制的所有内容都被绘制为一个单独的点。我不认为你的情节是“时髦的”（虽然我承认我不知道你的意思），我认为你的数据可能是“时髦的”，你的箱线图准确地代表了你的数据的分布根据构造箱线图的规则。

在未来（我的意思是礼貌地），如果您可以编写更明确指定的问题并包含可重复的示例，它将帮助您获得更有用和更快的答案。

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更新：感谢您提供更多信息。我通过“时髦”收集您的意思是它是一个 boxplot，而不是典型的 scatterplot。要意识到plot() 是一个通用函数，它将根据你传递给它的内容调用不同的方法。如果你传递简单的连续数据，它会产生一个散点图，但是如果你传递连续数据和一个因子，那么它会产生一个箱线图，即使你没有明确地调用boxplot。考虑：

plot(TOTAL.LACE, DAYS.TO.FAILURE)

plot(as.factor(TOTAL.LACE), DAYS.TO.FAILURE)

显然，您已将DAYS.TO.FAILURE 转换为一个无意义的因子。大概这是通过上面的代码psymbol <- unique(FAILURE + 1) 在pch=unique(psymbol) 参数中完成的。虽然我没有时间尝试这个，但我怀疑消除那行代码并使用pch=(FAILURE + 1) 将实现您的目标。