我正在尝试提取使用dotplot(ranef()) 绘制的置信区间和截距值。我该怎么做？
attach(sleepstudy)
library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
lattice::dotplot(ranef(fm1, condVar=TRUE))
我尝试探索列表对象fm1，但找不到 CI。
【问题讨论】：
attach() 在这里是不必要的（并且被认为是有害的）
标签： r plot lme4 confidence-interval
rr <- ranef(fm1) ## condVar = TRUE has been the default for a while
使用as.data.frame：给出条件模式和 SD，您可以从中计算区间（从技术上讲，这些不是“置信区间”，因为 BLUP/条件模式的值不是参数......）
dd <- as.data.frame(rr)
transform(dd, lwr = condval - 1.96*condsd, upr = condval + 1.96*condsd)
或者broom.mixed::tidy:
broom.mixed::tidy(m1, effects = "ran_vals", conf.int = TRUE)
broom.mixed::tidy() 内部使用as.data.frame.ranef.mer()（as.data.frame 调用的方法）：该函数采用?lme4::ranef 中描述的相当复杂的数据结构，并以更用户友好的格式提取条件模式和标准差：
如果‘condVar’为‘TRUE’，则‘"postVar"’ 属性是维度为 j x j x k 的数组（或此类列表 数组）。这个数组的第 k 个面是正定的 j 对称 j 矩阵。如果只有一个分组因子 该模型是整个随机数的方差-协方差矩阵 效应向量，以模型的估计为条件 参数和数据上，将是块对角线；这个 j by j 矩阵是第 k 个对角线块。具有多个分组因素 ‘"postVar"’ 属性的面仍然是对角线 这个条件方差 - 协方差矩阵的块，但 矩阵本身不再是块对角线。
在这种特殊情况下，您需要执行以下操作来复制 as.data.frame() 的 condsd 列：
## get the 'postVar' attribute of the first (and only) RE term
aa <- attr(rr$Subject, "postVar")
## for each slice of the array, extract the diagonal;
## transpose and drop dimensions;
## take the square root
sqrt(c(t(apply(aa, 3, diag))))
【讨论】：
as.data.frame.ranef.mer 从 attr(rr$Subject, 'postVar') 获取条件 SD 所做的工作（假设）？