如何在ggtree中按组为树的提示着色？答案

【问题标题】：How to colour the tips of tree by group in ggtree?如何在ggtree中按组为树的提示着色？
【发布时间】：2020-12-29 02:58:03
【问题描述】：

如何根据样本所属的组简单地为树的尖端着色？

nwk <- system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio")
tree <- read.tree(nwk)

group_1 <- rep("1.1.1", 5)
group_2 <- rep("1.1.2", 3)
group_3 <- rep("1.2", 2)
group_4 <- rep("1.2.1", 2)
group_5 <- "1.2"

meta_data <- data.frame(ID = LETTERS[1:13], 
                        group = c(group_1, group_2, group_3, group_4, group_5))

如何处理元数据以使提示显示为彩色圆圈或正方形（或其他形状）并根据这些颜色创建图例？

我在 ggtree 文档中看到了类似的树，但是它们的代码非常复杂（例如参见 https://guangchuangyu.github.io/ggtree-book/chapter-ggtree.html 中的第 4.3.7.3 节）。

此外，我无法重现这些示例，因为它们依赖于他们无处明确可用的元数据：

treefile <- "RAxML_bestTree.Aln_All_H3.nwk"
tipseqfile <- "Aln_All_H3_filted.fas"

例如。

必须有一种简单的方法使用此元数据为提示着色。

【问题讨论】：

标签： r ggtree

【解决方案1】：

您可以将树转换为tibble，然后加入meta_data。然后你转换回一棵树并为geom_tiplab的美学添加颜色

x <- full_join(as_tibble(tree), meta_data, by = c("label" = "ID"))

tree2 <- as.treedata(x)

ggtree(tree2) + geom_tiplab(aes(color = group))

编辑：可以使用theme_tree 添加图例。我会留给你的

【讨论】：