使用 Dplyr 的 DESeq2 DDS 过滤器错误消息答案

【问题标题】：DESeq2 DDS filter error message using Dplyr使用 Dplyr 的 DESeq2 DDS 过滤器错误消息
【发布时间】：2021-11-14 13:27:01
【问题描述】：

dds$Description <- select(dds, Description == "Mammary_Tumor", "Mammary_Normal")
ddstxnmam <- DESeq2:: DESeqDataSetFromMatrix(countData = dds,
                                              colData = cd,
                                              design = condition)
ddstxnmam <- DESeq2:: DESeq(ddstxnmam)

UseMethod("select") 中的错误：没有适用于“字符”类对象的“选择”方法

如何更改代码以正确过滤乳腺肿瘤和乳腺正常样本的 dds？

【问题讨论】：

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标签： r filter dplyr

【解决方案1】：

select 用于选择列，您在此处进行过滤（至少看起来像这样，因为您没有提供任何描述并且没有添加数据集）。

dds$Description <- dds %>% filter(Description %in% c("Mammary_Tumor", "Mammary_Normal"))

【讨论】：