使用双重条件的 for 循环

Question

我目前正在尝试创建一个双重条件，如果我的数据框“模型”的癌症类型（指示）和基因（基因）都出现在另一个名为“cpg”的数据框中，那么一个新列如果两个条件都满足，则在模型表中为“是”，如果不满足，则为“否”。为了说明这一点：

模型表有：

Indication	Genes
Acute Myeloid Leukemia	TP53
Acute Myeloid Leukemia	GNAQ

cpg 数据框有：

Cancer Type	Gene
Acute Myeloid Leukemia	TP53
Acute Myeloid Leukemia	ATM

我想制作一个如下所示的模型表（基于 cpg 数据）：

Indication	Genes	Hotspot?
Acute Myeloid Leukemia	TP53	Yes
Acute Myeloid Leukemia	GNAQ	No

到目前为止，我已经尝试（但失败了）创建一个带有条件的 for 循环来创建一个向量，希望随后将此向量附加为一个新列：

hotspot <- c()
for (i in 1:nrow(mockup)){
  if ((mockup$Genes[i] == cpg$Gene && mockup$Indication[i] == cpg$`Cancer Type`)){
    hotspot[i] <- print("yes")
    } else {
      hotspot[i] <- print("no")
    }
}

unique(hotspot)

一如既往，任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

这是必需的吗？ R 中的 for 循环，因为 R 已经矢量化，通常是可以避免的。

• 基础 R 版本

mockup <- read.table(text = 'Indication Genes
"Acute Myeloid Leukemia"    TP53
"Acute Myeloid Leukemia"    GNAQ', header = T)

cpg <- read.table(text = "Cancer_Type   Gene
'Acute Myeloid Leukemia'    TP53
'Acute Myeloid Leukemia'    ATM", header = T)

mockup$hotspot <- apply(mockup, 1, function(x) c('No','Yes')[(all(x %in% as.matrix(cpg)))

mockup
              Indication Genes hotspot
1 Acute Myeloid Leukemia  TP53     Yes
2 Acute Myeloid Leukemia  GNAQ      No

---

dplyr管道友好版

library(dplyr)

mockup %>% rowwise() %>%
  mutate(hotspot = c('No', 'Yes')[+(all(cur_data() %in% as.matrix(cpg))+1)])
#> # A tibble: 2 x 3
#> # Rowwise: 
#>   Indication             Genes hotspot
#>   <chr>                  <chr> <chr>  
#> 1 Acute Myeloid Leukemia TP53  Yes    
#> 2 Acute Myeloid Leukemia GNAQ  No