使用 sapply 的列表和矩阵

Question

我有一个基本的问题，我在网上搜索过。我在读取文件时遇到问题。不过，我设法按照@Konrad 的建议阅读了我的文件，对此我表示赞赏：如何让 R 从一个大目录下的多个子目录中读取文件？

这是一个类似的问题，但是我没有解决它。

我的问题：

我在不同文件夹中有大量同名文件（“tempo.out”）。这个 tempo.out 有 5 列/标题。它们都是相同的格式，1048 行 5 列：

id X Y 时间温度

setwd("~/Documents/ewat")
dat.files  <- list.files(path="./ress",
                 recursive=T,
                 pattern="tempo.out"
                 ,full.names=T)
readDatFile <- function(f) {
dat.fl <- read.table(f)  
 }

data.filesf <- sapply(dat.files, readDatFile)                         

# I might not have the right sintax in sub5:
subs5 <- sapply(data.filesf,`[`,5) 
matr5 <- do.call(rbind, subs5)   

probs <- c(0.05,0.1,0.16,0.25,0.5,0.75,0.84,0.90,0.95,0.99)
q <- rowQuantiles(matr5, probs=probs)
print(q)

我想提取这数千个文件中每个文件的第五列（temp）并进行分位数等计算。

我首先尝试读取“ress”中的所有子文件

后者没有出错，但我的主要问题是“data.filesf”不是矩阵而是列表，实际上第 5 列不是我所期望的。然后是：

matr5 <- do.call(rbind, subs5)

也没有给出所需的值/结果。

将列放入将成为巨大矩阵的最佳方法是什么？

Answer 1

考虑扩展您定义的函数 readDatFile 以提取第五列 temp，并使用 sapply 或 vapply 直接分配给矩阵（因为您提前知道所需的结构 - 数字矩阵长度等于 nrows 或 1048）。然后，运行需要的rowQuantiles：

setwd("~/Documents/ewat")

dat.files  <- list.files(path="./ress",
                         recursive=T,
                         pattern="tempo.out",
                         full.names=T)

readDatFile <- function(f) read.table(f)$temp  # OR USE read.csv(f)[[5]]

matr5 <- sapply(dat.files, readDatFile, USE.NAMES=FALSE)                         
# matr5 <- vapply(dat.files, readDatFile, numeric(1048), USE.NAMES=FALSE)

probs <- c(0.05,0.1,0.16,0.25,0.5,0.75,0.84,0.90,0.95,0.99)
q <- rowQuantiles(matr5, probs=probs)

Answer 2

试试 lapply(data.filef,[,,5) 希望这会有所帮助