密度图矩阵，每个图覆盖两个分布

Question

我有一个有 5 列的data.frame，我想生成一个密度图矩阵，这样每个密度图都是两个密度图的叠加。 （这类似于 plotmatrix，除了在我的情况下，每列中非 NA 值的数量因列而异，我想要叠加分布而不是散点图）。

下面是我的第一次尝试，但没有成功：

library(ggplot2)
library(reshape)

tmp1 <- data.frame(do.call(cbind, lapply(1:5, function(x) {
  r <- rnorm(100)
  r[sample(1:100, 20)] <- NA
  return(r)
})))

ggplot( melt(tmp1), aes(x=value, fill=variable))+
  geom_density(alpha=0.2, position="identity")+opts(legend.position = "none")+
  facet_grid(variable ~ variable)

我的第二种方法让我几乎做到了，但我不想使用 5 种不同的颜色，而只想在所有绘图中使用两种颜色。而且，我确信有一种更优雅的方式来构建这个扩展矩阵：

tmp2 <- do.call(rbind, lapply(1:5, function(i) {
  do.call(rbind, lapply(1:5, function(j) {
    r <- rbind(data.frame(var=sprintf('X%d', i), val=tmp1[,i]),
               data.frame(var=sprintf('X%d', j), val=tmp1[,j]))
    r <- data.frame(xx=sprintf('X%d', i), yy=sprintf('X%d', j), r)
    return(r)
  }))
}))
ggplot(tmp2, aes(x=val, fill=var))+
  geom_density(alpha=0.2, position="identity")+opts(legend.position = "none")+
  facet_grid(xx ~ yy)

我的解决方案是手动循环遍历成对的列并手动生成重叠的密度图，并将它们保存到列表中。然后我使用“grid.arrange”将它们排列在一个网格中，如下图所示。

但是是否可以使用facet_grid 来实现呢？

Answer 1

最简单的方法是使用所有排列（5 * 5 = 25 个）重塑您的数据。

require(gregmisc)
perm <- permutations(5, 2, paste0("X", 1:5), repeats.allowed=TRUE)
# instead of gregmisc + permutations, you can use expand.grid from base as:
# perm <- expand.grid(paste0("X", 1:5), paste0("X", 1:5))
o <- apply(perm, 1, function(idx) {
    t <- tmp1[idx]
    names(t) <- c("A", "B")
    t$id1 <- idx[1]
    t$id2 <- idx[2]
    t
})
require(ggplot2)
require(reshape2)    
o <- do.call(rbind, o)
o.m <- melt(o, c("id1", "id2"))
o.m$id1 <- factor(o.m$id1)
o.m$id2 <- factor(o.m$id2)
p <- ggplot(o.m, aes(x = value))
p <- p + geom_density(alpha = 0.2, position = "identity", aes(fill = variable)) 
p <- p + theme(legend.position = "none")
p <- p + facet_grid(id1 ~ id2)
p