我应该为 hclust 使用 vegdist 还是 dist？答案

【问题标题】：Should I use vegdist or dist for hclust?我应该为 hclust 使用 vegdist 还是 dist？
【发布时间】：2021-02-12 02:10:58
【问题描述】：

我正在尝试使用二进制数据进行层次聚类分析，对于距离矩阵，我应用了 vegan 包中的函数 vegdist()：

dist.jac <- vegdist(final_df, method="jaccard", binary = TRUE)

接下来，我使用了函数 hclust，但我不确定是否应该使用 vegdist() 生成的相异矩阵：

jac <- hclust(dist.jac, method = "ward.D")

或尝试这样的事情（如我所见）：

jac <- hclust(dist(dist.jac), method = "ward.D")

因为函数hclust() 需要“dist 产生的相异结构”。但另一方面，vegan 包说“应该提供一个替代 dist 并返回相同类型的距离对象”和“该函数是 dist 的替代品”。申请dist(dist.jac) 对我来说没有多大意义，但我已经看到这样做了，所以如果有人能向我解释我应该使用哪一个，我将非常感激！

【问题讨论】：

标签： cluster-computing hierarchical-clustering vegan hclust vegdist

【解决方案1】：

如果有人在做dist(dist.jac)，他们得到的是数据不同的不同，而不是数据的不同。这很少有道理。

就像 vegan 文档所说，vegdist 是 dist 的直接替代品。使用哪一个并不重要。如果差异仅在一种替代方案中可用，请使用它。如果两者都可用，请使用其中任何一个。在这种情况下，我个人更喜欢dist，因为它不需要调用任何贡献的包。

【讨论】：