rmarkdown::render() 无法生成 pdf，但 rstudio 'knitr' 按钮有效答案

【问题标题】：rmarkdown::render() failed to generate pdf, but the rstudio 'knitr' buttons worksrmarkdown::render() 无法生成 pdf，但 rstudio 'knitr' 按钮有效
【发布时间】：2020-01-06 17:35:47
【问题描述】：

我使用 tineytex 包，当我单击 rStudio 中的 knit 按钮时，编织 pdf 没有问题。但是，当我使用相同的 .Rmd 文件作为输入调用 rmarkdown::render() 时，目标文件夹中只生成了一个中间的 .tex 文件。

下面是我的代码。

rmarkdown::render(input = "C:/Users/sqhuang/Pdf.Rmd",  
           output_format = "pdf_document",
           output_file = "test.pdf", 
            output_dir = ot_path)

以下是我收到的错误消息。

处理文件：Pdf.Rmd

|.........                                                        |  14%
  ordinary text without R code

  |...................                                              |  29%
label: setup (with options) 
List of 1
 $ echo: logi FALSE

  |............................                                     |  43%
  ordinary text without R code

  |.....................................                            |  57%
label: cars
  |..............................................                   |  71%
  ordinary text without R code

  |........................................................         |  86%
label: pressure (with options) 
List of 1
 $ echo: logi FALSE

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code

输出文件：Pdf.knit.md

"C:/PROGRA~1/Pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Pdf.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output pandoc15f027594a1c.tex --template "C:\PROGRA~1\R\R-36~1.1\library\RMARKD~1\rmd\latex\DEFAUL~3.TEX" --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable "geometry:margin=1in" --variable "compact-title:yes" 这是 pdfTeX，版本 3.14159265-2.6-1.40.20 (TeX Live 2019/W32TeX) （预加载格式=pdflatex）限制\write18 启用。警告： kpathsea: //enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents: Unrecognized 变量构造$/'. warning: kpathsea: //enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents: Unrecognized variable construct$/'。警告：kpathsea：//enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My 文档：无法识别的变量构造 $/'. warning: kpathsea: //enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-config/web2c/pdftex: Unrecognized variable construct$/'。警告：kpathsea：//enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-var/web2c/pdftex：无法识别的变量构造$/'. warning: kpathsea: //enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-home/web2c/pdftex: Unrecognized variable construct$/'。警告：kpathsea：//enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-config/web2c：无法识别的变量构造 $/'. warning: kpathsea: //enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-var/web2c: Unrecognized variable construct$/'。警告：kpathsea：//enterprise2/Users4$/Sqhuang_a/My Documents/.TinyTeX/texmf-home/web2c：无法识别的变量构造 `$/'。进入扩展模式错误：编译失败 \endeavor/apps_doc$/Applications/0_Support/GCS/Brett - 其他职责/BAR/Steph/AL/Jul/test_report.tex。看 https://yihui.name/tinytex/r/#debugging 获取调试提示。

【问题讨论】：

我在我的 .Rmd 文件代码主干中添加了以下内容：options(tinytex.verbose = TRUE)。但是，没有给出关于错误的太多细节。我也在互联网上搜索，发现有人在 Rstudio 论坛上发布了相同的问题，但问题没有解决。有没有人遇到这个问题并解决了这个问题？非常感谢任何获得有关该问题的更多信息的指针。
在呈现同一报表的 HTML 版本时，render() 也失败了。但是，这次我获得了有关该错误的更多信息。 render() 函数有问题的是合作共享驱动器：它无法正确解释包含$ 的共享驱动器路径。一旦我将输出目录更改为 C 驱动器，报告的 pdf 和 html 版本都会被渲染。
（仅作记录）在这里提出了类似的问题：github.com/yihui/tinytex/issues/150 但我没有解决方案。
更新：请试试这个github.com/yihui/tinytex/issues/150#issuecomment-595941757

标签： r-markdown render tinytex

【解决方案1】：

我认为我已经解决了问题（不幸的是，我似乎遇到了further issue，但我想我已经解决了这个问题）。

基本上，kpathsea 会在您的系统中到处搜索所需的软件包。这意味着它正在尝试在它无法正确读取的目录中搜索（因为$ 等符号）。解决方案是找到看起来像这样的texmf.cnf 文件：

% (Public domain.)
% This texmf.cnf file should contain only your personal changes from the
% original texmf.cnf (for example, as chosen in the installer).
%
% That is, if you need to make changes to texmf.cnf, put your custom
% settings in this file, which is .../texlive/YYYY/texmf.cnf, rather than
% the distributed file (which is .../texlive/YYYY/texmf-dist/web2c/texmf.cnf).
% And include *only* your changed values, not a copy of the whole thing!
%
TEXMFLOCAL = $SELFAUTOPARENT/texmf-local
TEXMFHOME = $HOME/.TinyTeX/texmf-home
TEXMFVAR = $HOME/.TinyTeX/texmf-var
TEXMFCONFIG = $HOME/.TinyTeX/texmf-config
OSFONTDIR = $SystemRoot/fonts//
ASYMPTOTE_HOME = $TEXMFCONFIG/asymptote

% Prefer external Perl for third-party TeXLive Perl scripts
% Was set to 1 if at install time a sufficiently recent Perl was detected.
TEXLIVE_WINDOWS_TRY_EXTERNAL_PERL = 0
TEXMFAUXTREES = C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3/share/texmf,

搜索时，kpathsea 将$HOME 替换为包含$ 的目录，例如，对我而言，$HOME 被我的默认 Documents 文件夹（位于共享网络驱动器上）替换。

我用./TinyTeX 替换了任何有$HOME/.TinyTeX 的地方，这将使kpathsea 在我实际安装TinyTex 的目录中搜索（更具体地说，在默认情况下不搜索目录。）

希望这对遇到此问题的任何人有所帮助，并为开发人员提供一些帮助，帮助他们在未来如何阻止此问题。

【讨论】：