R中的引导多项式回归答案

【问题标题】：Bootstrap Multinomial regression in RR中的引导多项式回归
【发布时间】：2016-01-15 04:45:16
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中引导一个简单的多项式回归，但出现错误：

is.data.frame(data) 中的错误：找不到对象“d”

真正奇怪的是，我使用的代码（针对这个特定问题进行了调整）与引导包 at Quick-R 的教程中的代码相同，并且当我使用不同的函数（如 lm() ）。当然，我在做一些愚蠢的事情，但我看不出是什么。请，如果有人可以提供帮助，我将不胜感激。

这是一个例子：

require(foreign)
require(nnet)
require(boot)

# an example for multinomial logistic regression
ml = read.dta('http://www.ats.ucla.edu/stat/data/hsbdemo.dta')
ml = ml[,c(5,7,3)]

bs <- function(formula, data, indices) {
    d = data[indices,] # allows boot to select sample
    fit = multinom(formula, data=d)
    s = summary(fit)
    return(list(fit$coefficients, fit$standard.errors))
}

# 5 replications
results = list()
results <- boot(
    data=ml, statistic=bs, R=5, parallel='multicore',
    formula=prog~write
)

【问题讨论】：

请在您的问题中发布traceback() 的输出。
我做了一些调查，这可能会导致解决方案：环境中有一些东西（通过从bs-函数内部打印 str(fit) 可以看到。它设置为全局，当您传递一个公式时，公式具有创建它们的环境（请参阅？公式）。不过现在不知道如何修复它。

标签： r logistic-regression statistics-bootstrap

【解决方案1】：

多项逻辑回归使用coef() 函数返回一个系数矩阵。这与返回系数向量的lm 或glm 模型不同。

library(foreign)     # read.dta()
library(nnet)        # multinom()
require(boot)        # boot()

# an example for multinomial logistic regression
ml = read.dta('http://www.ats.ucla.edu/stat/data/hsbdemo.dta')
ml = ml[,c(5,7,3)]

names(ml)

bs <- function(formula, data, indices) {
  d = data[indices,] # allows boot to select sample
  fit = multinom(formula, data=d, maxit=1000, trace=FALSE)
  #s = summary(fit)
  #return(list(fit$coefficients, fit$standard.errors))

  estimates <- coef(fit)
  return(t(estimates))
}

# enable parallel

library(parallel)
cl <- makeCluster(2)
clusterExport(cl, "multinom")

# 10000 replications
set.seed(1984)

results <- boot(
  data=ml, statistic=bs, R=10000, parallel = "snow", ncpus=2, cl=cl,
  formula=prog~write
)

# label the estimates

subModelNames <- colnames(results$t0)
varNames <- rownames(results$t0)

results$t0

estNames <- apply(expand.grid(varNames,subModelNames),1,function(x) paste(x,collapse="_"))

estNames

colnames(results$t) <- estNames

# summary of results

library(car)

summary(results)

confint(results, level=0.95, type="norm")
confint(results, level=0.95, type="perc")
confint(results, level=0.95, type="bca")

# plot the results

hist(results, legend="separate")

【讨论】：

【解决方案2】：

错误发生在summary()部分，同样multinom()返回的对象没有coefficients和standard.errors。看来，summary.multinom() 反过来从您的数据中计算粗麻布，d，由于某种原因（可能是范围问题）无法找到。快速解决方法是添加Hess = TRUE：

bs <- function(formula, data, indices) {
  d = data[indices,] # allows boot to select sample
  fit = multinom(formula, data=d, Hess = TRUE)
  s = summary(fit)
  return( cbind(s$coefficients, s$standard.errors) )
}

# 5 replications
results = list()
results <- boot(
  data=ml, statistic=bs, R=5, parallel='multicore',
  formula=prog~write
)

【讨论】：