R 命令行参数和生成文件答案

【问题标题】：R commandline arguments and makefileR 命令行参数和生成文件
【发布时间】：2012-02-12 08:29:14
【问题描述】：

我在组合 makefile 和接受命令行参数的 R 程序时遇到问题。

一个例子：我编写了一个 R 文件，它接受命令行参数并生成一个绘图。

代码

    args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
    if (length(args) != 1) {
    cat("You must supply only one number\n")
    quit()
    }
    inputnumber <- args[1]
    pdf("Rplot.pdf")
    plot(1:inputnumber,type="l")
    dev.off()

生成文件

all : make Rplot.pdf
Rplot.pdf : test.R
        cat test.R | R --slave --args 10

现在的问题是如何提供 --args（在这种情况下为 10），这样我就可以这样说： make Rplot.pdf -10

我理解它更多的是Makefile 问题而不是R 问题。

【问题讨论】：

标签： r makefile

【解决方案1】：

您有两个问题。

第一个问题是关于命令行参数解析的，我们已经在网站上提出了几个问题。请搜索“[r] optparse getopt”以查找例如

还有更多。

第二个问题涉及基本的 Makefile 语法和用法，是的，网上也有很多教程。你基本上提供它们类似于 shell 参数。这是例如我的 Makefile 的一部分（来自RInside 的示例），我们在其中查询 R 到命令行标志等：

## comment this out if you need a different version of R, 
## and set set R_HOME accordingly as an environment variable
R_HOME :=       $(shell R RHOME)

sources :=      $(wildcard *.cpp)
programs :=     $(sources:.cpp=)


## include headers and libraries for R 
RCPPFLAGS :=    $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --cppflags)
RLDFLAGS :=     $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --ldflags)
RBLAS :=        $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config BLAS_LIBS)
RLAPACK :=      $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config LAPACK_LIBS)

## include headers and libraries for Rcpp interface classes
RCPPINCL :=     $(shell echo 'Rcpp:::CxxFlags()' | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RCPPLIBS :=     $(shell echo 'Rcpp:::LdFlags()'  | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)


## include headers and libraries for RInside embedding classes
RINSIDEINCL :=  $(shell echo 'RInside:::CxxFlags()' | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RINSIDELIBS :=  $(shell echo 'RInside:::LdFlags()'  | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)

[...]

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以如下定义命名参数：

$ cat Makefile 
all:
    echo $(ARG)

$ make ARG=1 all
echo 1
1

您也可以使用Rscript test.R 10 代替cat test.R | R --slave --args 10。

【讨论】：

您好，谢谢您的回答。但问题是如何通过 Makefile 提供参数？我在我的 test.R 文件中使用 commandArgs()