未使用的参数 - corrplot？答案

【问题标题】：Unused argument - corrplot?未使用的参数 - corrplot？
【发布时间】：2018-01-14 00:34:07
【问题描述】：

我是这方面的新手。我想使用 corrplot 创建一个相关矩阵并使用以下代码：

 cor.mtest <- function(mat, ...) {
    mat <- as.matrix(mat)
    n <- ncol(mat)
    p.mat<- matrix(NA, n, n)
    diag(p.mat) <- 0
    for (i in 1:(n - 1)) {
        for (j in (i + 1):n) {
            tmp <- cor.test(mat[, i], mat[, j], ...)
            p.mat[i, j] <- p.mat[j, i] <- tmp$p.value
        }
    }
  colnames(p.mat) <- rownames(p.mat) <- colnames(mat)
  p.mat
}

        p.mat<-cor.mtest(dataset)

    corrplot(cor(dataset, use="complete.obs"), type="upper", order="hclust", 

    p.mat=p.mat, sig.level=0.1)

这是我以前用过的，但这次我收到一条错误消息：

Error in corrplot(cor(dataset, use = "complete.obs"), type = "upper",  : 
  unused arguments (type = "upper", order = "hclust", p.mat = p.mat, sig.level = 0.01)

知道为什么会这样以及如何解决吗？

【问题讨论】：

如果我用mtcars 代替dataset，那么它会按预期运行，我无法重现错误。 ps答案here显示了一种使用更少代码（但额外的包）来获取pvalues的方法。

标签： r r-corrplot

【解决方案1】：

R 中的unused argument 错误意味着您提供的命名参数与函数的实际参数不匹配。这通常是由拼写错误或意外使用来自不同包的类似名称的函数引起的。

看起来在这种情况下被标记的参数是用于corrplot 包的corrplot 函数。其他包中还有其他 corrplot 函数，例如arm。你确定你加载了正确的包吗？

【讨论】：

是的，解决了这个问题。似乎我用与数据集名称相同的命令加载了另一个包。谢谢！

【解决方案2】：

library(corrplot)

dat = read.csv('yourdata')

M<- cor(t(dat[,-1]), use="complete.obs", method="pearson")
corr <- round(cor(M),1)

corrplot(corr , method = "color",is.corr = FALSE
         ,order = "hclust",hclust.method = c("complete"))

【讨论】：