使用 ggcorrplot 通过分类变量绘制多个相关矩阵

Question

我使用ggcorrplot 包和以下代码创建了一个简单的相关矩阵：

library(ggcorrplot)
corr <- round(cor(data[,18:24], use = "complete.obs"),2)
gg <- ggcorrplot(corr)
print(gg)

我现在想做的是使用相同的数据创建多个相关矩阵，但通过名为“区域”的分类变量（列位置“5”）将其分解：类似于使用 facet_wrap 函数。但是，当我尝试这样做时，出现错误。我尝试了以下方法：

library(ggcorrplot)
corr <- round(cor(data[,18:24], use = "complete.obs"),2)
gg <- ggcorrplot(corr) +
facet_wrap("region", ncol = 2)
print(gg)

我得到的错误是"Error in combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop) : At least one layer must contain all variables used for facetting"

我知道 'corr' 没有引用“区域”字段，我想知道如何才能做到这一点。所以基本上，输出将是由“区域”分隔的 6 个相关矩阵，而不是所有数据的一个相关矩阵。

Answer 1

使用ggcorrplot 可能无法做到这一点，它将相关矩阵作为其输入并将其融合到合适的数据帧中，然后用于某些特定的ggplot 内容以制作绘图。

但是您可以使用ggcorrplot 源代码来获得您想要的。

作为初步步骤，让我们看一下“融化”的相关矩阵。

(small_cor <- cor(replicate(2, rnorm(25))))
#>            [,1]       [,2]
#> [1,] 1.00000000 0.06064063
#> [2,] 0.06064063 1.00000000
(reshape2::melt(small_cor))
#>   Var1 Var2      value
#> 1    1    1 1.00000000
#> 2    2    1 0.06064063
#> 3    1    2 0.06064063
#> 4    2    2 1.00000000

它是相关矩阵的数据框版本，其中每一行是来自原始数据的变量组合的相关性。

现在我们将着手处理一些示例数据。有 6 个区域和 7 个变量。

library(tidyverse)
library(reshape2)

my_data <- data.frame(region = factor(rep(1:6, each = 25)),
                      replicate(7, rnorm(6*25)))

我们需要融合了区域 ID 的相关矩阵。这就是我的做法。可能有更好的方法。我认为这可能是您必须做的最棘手的事情。

my_cors <- cbind(region = factor(rep(levels(my_data$region), each = 7^2)),
              do.call(rbind, lapply(split(my_data, my_data$region), function(x) melt(cor(x[,-1])))))

现在我将从ggcorrplot 源代码复制并粘贴。首先，从参数列表中粘贴以获得一些默认值：

ggtheme = ggplot2::theme_minimal
colors = c("blue", "white", "red")
outline.color = "gray"
legend.title = "Corr"
tl.cex = 12
tl.srt = 45

现在我剪切并粘贴ggcorrplot 的相关部分并在最后粘贴facet_wrap 以获得您想要的。

my_cors %>% 
  ggplot(aes(Var1, Var2, fill = value)) + 
  geom_tile(color = outline.color) + 
  scale_fill_gradient2(low = colors[1], 
                       high = colors[3], 
                       mid = colors[2], 
                       midpoint = 0,
                       limit = c(-1, 1), 
                       space = "Lab", 
                       name = legend.title) + 
  ggtheme() + theme(axis.text.x = element_text(angle = tl.srt,
                                               vjust = 1, 
                                               size = tl.cex, hjust = 1), 
                    axis.text.y = ggplot2::element_text(size = tl.cex)) + 
  coord_fixed() +
  facet_wrap("region", ncol=2)