如何创建具有不同颜色叠加点的箱线图？答案

【问题标题】：How to create a box plot with superimposed points in different color?如何创建具有不同颜色叠加点的箱线图？
【发布时间】：2017-07-16 11:08:44
【问题描述】：

我目前正在尝试使用叠加点绘制箱形图。根据因子变量，箱线图中的点的颜色必须不同。代码运行良好，直到这里：

  MioBox <- ggplot(mydata, aes(x=mng, y=Active, fill=mng))+ 
  geom_boxplot(color="black", notch=TRUE)+ 
  geom_point(position="jitter", color="blue", alpha=.5)+ 
  geom_rug(side="l", color="black")+
  facet_grid(.~hor,scales = "free", space = "free")+
  labs(title='bla bla bla')

（见下图）

当我尝试根据变量plot为箱线图中的点添加颜色时

MioBox <- ggplot(mydata, aes(x=mng, y=Active, fill=mng))+ 
geom_boxplot(color="black", notch=TRUE)+ 
#geom_point(position="jitter", color="blue", alpha=.5)+ 
geom_rug(side="l", color="black")+
facet_grid(.~hor,scales = "free", space = "free")+
labs(title='bla bla bla')
MioBox + scale_fill_manual(values=c("#669966", "#CC9966", "#CCCC66"))+
geom_point(position="jitter",aes(color = factor(mydata$plot)))

我得到一个与变量图不匹配的箱线图，该变量图在每个箱线图中为每种颜色分配 3 个点。结果是我总是有 9 个点，但大多数时候一种颜色有 6 个，另一种颜色有 3 个，并且缺少一种颜色：

这是重现问题的表格：

mydata <- read.table(header=TRUE, text="
Active hor plot mng
7.20    F   1   CH
8.80    O   1   CH
9.30    F   1   CH
9.20    O   1   CH
9.70    F   1   CH
9.30    O   1   CH
9.10    F   2   CH
7.50    O   2   CH
7.50    F   2   CH
8.70    O   2   CH
9.90    F   2   CH
7.60    O   2   CH
9.70    F   3   CH
7.70    O   3   CH
8.90    F   3   CH
8.60    O   3   CH
8.30    F   3   CH
8.30    O   3   CH
8.50    L   1   CH
7.40    L   1   CH
8.00    L   1   CH
9.70    L   2   CH
8.90    L   2   CH
8.40    L   2   CH
9.80    L   3   CH
8.00    L   3   CH
7.00    L   3   CH
7.30    F   1   Fe
6.60    O   1   Fe
6.50    F   1   Fe
6.60    O   1   Fe
6.90    F   1   Fe
5.80    O   1   Fe
6.60    F   2   Fe
7.00    O   2   Fe
6.00    F   2   Fe
5.10    O   2   Fe
6.10    F   2   Fe
5.10    O   2   Fe
5.10    F   3   Fe
6.50    O   3   Fe
7.70    F   3   Fe
6.90    O   3   Fe
5.20    F   3   Fe
6.30    O   3   Fe
6.50    L   1   Fe
5.00    L   1   Fe
7.80    L   1   Fe
5.10    L   2   Fe
5.50    L   2   Fe
5.60    L   2   Fe
5.50    L   3   Fe
7.80    L   3   Fe
7.70    L   3   Fe
7.20    F   1   W
8.80    O   1   W
7.80    F   1   W
7.80    O   1   W
7.90    F   1   W
8.10    O   1   W
8.60    F   2   W
7.40    O   2   W
7.40    F   2   W
8.40    O   2   W
7.70    F   2   W
8.90    O   2   W
6.70    F   3   W
6.10    O   3   W
7.50    F   3   W
8.60    O   3   W
7.80    F   3   W
8.60    O   3   W
8.30    L   1   W
8.20    L   1   W
8.70    L   1   W
8.60    L   2   W
6.80    L   2   W
6.30    L   2   W
7.30    L   3   W
7.10    L   3   W
7.70    L   3   W
")

有人可以帮我吗？

【问题讨论】：

您能否添加数据子集以便我们重现该问题？请参阅here 的建议，了解您可能希望如何做到这一点:)
非常感谢 Corinne，希望上表有所帮助？高山
Corinne 我刚刚发现它适用于上表，但是当我为变量“hor”添加不同的值时它不起作用。
您可以编辑表格以使其不起作用吗？ -- 很难知道hor 是否需要在其他变量的级别内变化才能重现您的问题。
谢谢 Corinne，请在上面找到新表格

标签： r ggplot2 boxplot points

【解决方案1】：

问题在于，当您只应该调用plot 时，您调用了mydata$plot。 ggplot 对象已经有一个预定义的data frame。

您可以像这样重写最后几行来修复它：

MioBox +
scale_fill_manual(values=c("#669966", "#CC9966", "#CCCC66"))+
geom_point(position="jitter",aes(color = factor(plot)))

【讨论】：

非常感谢 cimentadaj，我知道异常值的双点。另外，我想用特定的颜色填充箱线图。我的问题是，如果您观察箱线图，对于 9 个箱线图中的每一个，每种颜色应该有 3 个点（根据变量“hor”总共三种颜色）。事实上，大多数时候一种颜色有六个点，另一种颜色有三个，但缺少一种颜色。 @cimentadaj
是的，对不起，我误会了，但我发现了你的错误。您需要从geom_point 调用中删除mydata$。离开plot。我会编辑答案。
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