是否可以使用 readr 的 write_csv() 写入标准输出？答案

【问题标题】：Is it possible to write stdout using write_csv() from readr?是否可以使用 readr 的 write_csv() 写入标准输出？
【发布时间】：2016-06-13 20:41:49
【问题描述】：

我正在使用bash 通过Rscript 传递数据，如下所示： cat random.csv | Rscript test.R arg >| delete.csv

我的目标是使用R 包readr 来读取标准输入和写入标准输出。我找到了answer to stdin here。

test.R

#!/usr/bin/Rscript
suppressMessages(library(readr))

args  <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

df.in <- read_csv(file("stdin"))

write_csv(df.in, path = stdout())

以上代码在命令行产生以下错误信息：

错误信息

Error in path.expand(path) : invalid 'path' argument
Calls: write_csv -> write_delim -> normalizePath -> path.expand
Execution halted

我也试过write_csv(df.in, file("stdout")) 和write_csv(df.in, stdout()) 产生同样的错误信息。

为了重现性，这里是random.csv的链接

Definition of variables, by WHO for the Global Tuberculosis Report [43kb]

【问题讨论】：

github.com/tidyverse/readr/issues/703

标签： r bash readr

【解决方案1】：

使用来自基本 R 的 write.table 和 write.csv，您可以将文件名指定为 "" 以打印到 STDOUT：

file: either a character string naming a file or a connection open
      for writing.  ‘""’ indicates output to the console.

例子：

$ Rscript -e 'write.csv(head(mtcars),"",quote=F)'
,mpg,cyl,disp,hp,drat,wt,qsec,vs,am,gear,carb
Mazda RX4,21,6,160,110,3.9,2.62,16.46,0,1,4,4
Mazda RX4 Wag,21,6,160,110,3.9,2.875,17.02,0,1,4,4
Datsun 710,22.8,4,108,93,3.85,2.32,18.61,1,1,4,1
Hornet 4 Drive,21.4,6,258,110,3.08,3.215,19.44,1,0,3,1
Hornet Sportabout,18.7,8,360,175,3.15,3.44,17.02,0,0,3,2
Valiant,18.1,6,225,105,2.76,3.46,20.22,1,0,3,1

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以使用write.table:

write.table(x, file = "foo.csv", sep = ",", col.names = NA,
        qmethod = "double")

查看帮助页面：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/write.table.html

【讨论】：

这回答了错误的问题 - OP 知道如何格式化为 CSV，但不知道如何写入 stdout。

【解决方案3】：

用于从标准输入读取：

df.in <- read_csv(paste(collapse = "\n", readLines(file("stdin"))))

用于写入标准输出：

writeLines(format_csv(tibble(a=c(1,2))), stdout())

#or
writeLines(format_csv(df.in), stdout())

感谢：jimhester

【讨论】：

【解决方案4】：

readr 中有一个 format_csv 函数。用这个代替write_csv：

cat(format_csv(df.in))

【讨论】：

谢谢@m0nhawk - 这非常接近。错误消息不再出现。但是，delete.csv 在应该有多行时将所有数据打印在单行上。如果你用cat() 包装你的答案，结果是正确的。例如cat(format_csv(df.in))。更新，我会接受你的回答。