R ggplot2：如何根据不同的列制作直方图和颜色？

Question

我正在尝试使用一些数据生成histogram，但我找不到使ggplot2 工作以实现我想要的方法。

对于上下文，我的数据如下所示：（列名）

​

|  Name  |  Total Enrichment % (A+B+C+D)  |  %A  |  %B  |  %C  |  %D  |

我想生成一个直方图，显示总浓缩列的分布，然后用 4 种颜色填充该列，显示 A、B、C 和 D 的不同百分比。

我尝试将数据转换为长格式，但我似乎仍然无法得到我想要的。

任何建议都会非常有帮助！非常感谢！

这里是一个例子（不是原始数据，只是一小部分）：

    dat <- read.table(text = "Name Total A B C D
1 0.1396104 0.029220779 0.009740260 0.029220779 0.07142857
2 0.1250000 0.010869565 0.021739130 0.016304348 0.07608696
3 0.1337580 0.006369427 0.000000000 0.025477707 0.10191083
4 0.1239669 0.016528926 0.024793388 0.033057851 0.04958678
5 0.1242938 0.011299435 0.016949153 0.039548023 0.05649718
6 0.1311475 0.000000000 0.000000000 0.021857923 0.10928962
7 0.1376147 0.004587156 0.004587156 0.004587156 0.12385321
8 0.1574074 0.046296296 0.018518519 0.032407407 0.06018519
9 0.1269036 0.010152284 0.010152284 0.020304569 0.08629442", sep = "",    header=T)

我的目标是使用总富集数据创建直方图，但每列填充其他贡献变量（A、B、C 和 D）

谢谢！

编辑

感谢 StupidWolf 的惊人帮助和 cmets，我可以更接近我想要的。

这是我到目前为止所得到的（它并不完美，但到目前为止还不错）

我想做的是将 y 轴设为对数刻度，因为我有很多较低范围内的数据，而且我对丰富度较高的数据也很感兴趣。 另外，有谁知道为什么酒吧没有填满？为什么会有这些空白？

再次感谢您的帮助和耐心等待！

Answer 1

我正在对您想要做什么进行有根据的猜测，首先让我们获取一些数据：

set.seed(321)
library(ggplot2)
library(dplyr)
dat = data.frame(Name=1:500,matrix(runif(500*4),ncol=4))
colnames(dat)[-1] = LETTERS[1:4]
dat$Total = rowSums(dat[,-1])

如果要计算 A、B、C 和 D 对 Total 的每个 binned 值的贡献，那么我们需要做一个 Total 的直方图，它看起来像这样，我们存储断点以对每一行进行分类：

his_all = hist(dat$Total,br=40)
dat$bin = cut(dat$Total,br=his_all$breaks,labels=his_all$mids)

在上面，我使用直方图的中间来表示再次绘制条形的位置。因此，有一个步骤可以将因子标签转换为数字。然后我们需要计算 A 对 D 对每个总数的贡献，然后旋转更长的时间并绘制：

dat %>% 
mutate_at(c("A","B","C","D"),~.x/Total) %>% 
pivot_longer(A:D) %>% 
mutate(bin=as.numeric(as.character(bin))) %>% 
ggplot(aes(x=bin,y=value,fill=name)) + 
geom_col() +
xlab("enrichment")

另一种可视化数据的方式：

dat$interval = cut_interval(dat$Total,5)

dat %>% mutate_at(c("A","B","C","D"),~.x/Total) %>% 
group_by(interval) %>% select(c(interval,A:D)) %>% 
summarize_all(mean) %>% pivot_longer(-interval) %>%
ggplot(aes(x=interval,y=value,fill=name)) + geom_col()

这显示了 Total 的每个范围，A/B/C/D 的贡献比例是多少..