如何避免使用基图过度绘制（对于点）？答案

【问题标题】：How to avoid overplotting (for points) using base-graph?如何避免使用基图过度绘制（对于点）？
【发布时间】：2011-04-04 19:14:46
【问题描述】：

我正在为一篇论文完成图表并决定 (after a discussion on stats.stackoverflow)，为了传输尽可能多的信息，创建以下图表，在前台和后台显示原始数据：

但是，仍然存在一个问题，那就是过度绘图。例如，标记的点看起来像是反映了一个数据点，但实际上在那个地方存在5个具有相同值的数据点。
因此，我想知道是否有办法处理使用points 作为函数在base graph 中过度绘图。
如果例如，各个点变得更暗，或更厚，或者......

手动操作不是一种选择（这样的图表和点太多）。此外，ggplot2 也不是我想学习处理这个单一问题的（一个原因是我倾向于喜欢双轴，而ggplot2 不支持）。

更新：我编写了一个函数，它可以自动创建上述图表并通过添加垂直或水平抖动（或两者）来避免过度绘图：check it out!

此功能现在在plotrix 包中以raw.means.plot 和raw.means.plot2 的形式提供（在CRAN 上）。

【问题讨论】：

标签： r graphics plot points

【解决方案1】：

标准方法是在绘图前向数据添加一些噪声。 R 有一个函数 jitter() 正是这样做的。您可以使用它为绘图中的坐标添加必要的噪声。例如：

X <- rep(1:10,10)
Z <- as.factor(sample(letters[1:10],100,replace=T))

plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n")
axis(1,at=1:10,labels=levels(Z))

【讨论】：

我通过编写一个小函数稍微扩展了这种方法，该函数只是向副本添加了抖动（即均匀噪声）。现在我很开心。

【解决方案2】：

除了抖动之外，另一种好方法是 alpha 混合，您可以获得（在支持它的图形设备上）作为第四个颜色参数。我在this SO question 中提供了两个直方图“过度绘制”的示例。

【讨论】：

从未想过在这种情况下使用 alpha 混合，好主意。您可以将两者结合起来，因此您仍然可以看到各个点： plot(jitter(as.numeric(Z),factor=0.2),X,xaxt="n",col=rgb(0, 0, 0, 0.5) )

【解决方案3】：

显示点数的一般问题的另一个想法是使用地毯图（地毯功能），这会在边缘放置小刻度线，可以显示有多少点有贡献（仍然使用抖动或 alpha 混合来表示领带）。这允许实际点显示它们的真实值而不是抖动值，但地毯可以指示绘图的哪些部分具有更多值。

对于示例图，直接抖动或 alpha 混合可能是最好的，但在某些其他情况下，地毯图可能很有用。

【讨论】：

【解决方案4】：

你也可以使用sunflowerplot，虽然在这里很难实现。正如 Dirk 建议的那样，我会使用 alpha 混合。

【讨论】：