从 makefile 激活 Anaconda Python 环境答案

【问题标题】：Activate Anaconda Python environment from makefile从 makefile 激活 Anaconda Python 环境
【发布时间】：2016-12-17 02:44:17
【问题描述】：

我想使用 makefile 来构建我的项目环境，使用 makefile 和 anaconda/miniconda，所以我应该能够克隆 repo 并简单地运行 make myproject

myproject: build

build:
  @printf "\nBuilding Python Environment\n"
  @conda env create --quiet --force --file environment.yml
  @source /home/vagrant/miniconda/bin/activate myproject

但是，如果我尝试这样做，我会收到以下错误

制作：来源：找不到命令

make: *** [来源] 错误 127

我已寻找解决方案，但 [this question/answer(How to source a script in a Makefile?) 表明我不能在 makefile 中使用 source。

然而，This answer 提出了一个解决方案（并收到了几个赞成票），但这对我也不起作用

(\
源 /home/vagrant/miniconda/bin/activate myproject； \

)

/bin/sh: 2: 来源：未找到

make: *** [来源] 错误 127

我还尝试将 source activate 步骤移至单独的 bash 脚本，并从 makefile 执行该脚本。这不起作用，我假设出于类似的原因，即我在 shell 中运行 source。

我应该补充一点，如果我从终端运行source activate myproject，它可以正常工作。

【问题讨论】：

阅读/home/vagrant/miniconda/bin/activate的内容。请注意，source 是内置的 shell，不是要调用的可执行文件，它在当前 shell 的上下文中执行文件的语句。由于make 运行不同的shell 副本，因此您无法在当前shell 中 从中激活virtualenv，就像您无法从makefile 更改当前shell 的目录一样。
所以本质上我没有办法通过makefile来实现这一点？
您可以克隆一个 repo，在 shell 中激活一个环境，然后运行一个 make 步骤（可能是另一个 makefile）在 shell 的调用中。例如。 /bin/sh -c "source path/to/activate; make me_a_sandwich"
@PhilipO'Brien 看看你最终选择了什么方法真的很有趣。我也面临同样的限制。

标签： python bash makefile virtualenv anaconda

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。基本上唯一的解决方案是 9000。我有一个设置 shell 脚本，在其中设置 conda 环境（源激活 python2），然后调用 make 命令。我尝试从 Makefile 内部设置环境，但没有成功。

我的 makefile 中有这一行：

installpy :
   ./setuppython2.sh && python setup.py install

错误信息是：

make
./setuppython2.sh && python setup.py install
running install
error: can't create or remove files in install directory

The following error occurred while trying to add or remove files in the
installation directory:

    [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-29183.write-test'

基本上，我能够设置我的 conda 环境以使用我具有写入权限的本地 conda。但这并没有被制作过程拾取。我不明白为什么在我的 shell 脚本中使用 'source' 设置的环境在 make 过程中不可见； source 命令应该改变当前的 shell。我只是想分享这个，这样其他人就不会浪费时间尝试这样做。我知道 autotools 有一种使用 python 的方法。但是make程序在这方面可能是有限的。

我目前的解决方案是一个 shell 脚本：

猫 py2make.sh

#!/bin/sh

# the prefix should be change to the target
# of installation or pwd of the build system
PREFIX=/some/path
CONDA_HOME=$PREFIX/anaconda3
PATH=$CONDA_HOME/bin:$PATH
unset PYTHONPATH
export PREFIX CONDA_HOME PATH
source activate python2
make

这似乎对我很有效。

有类似情况的solution，但它似乎对我不起作用：

我修改后的 Makefile 段：

installpy :
   ( source activate python2; python setup.py install )

调用make后的错误信息：

make
( source activate python2; python setup.py install )
/bin/sh: line 0: source: activate: file not found
make: *** [installpy] Error 1

不知道我哪里错了。如果有人有更好的解决方案，请分享。

【讨论】：

【解决方案2】：

我遇到了类似的问题；我想从 Makefile 创建或更新 conda 环境，以确保我自己的脚本可以使用该 conda 环境中的 python。
默认情况下，make 使用 sh 来执行命令，而 sh 不知道 source（另见 this SO answer）。我只是将 SHELL 设置为 bash 并以（仅相关部分）结束：

SHELL=/bin/bash
CONDAROOT = /my/path/to/miniconda2
.
.
install: sometarget
        source $(CONDAROOT)/bin/activate && conda env create -p conda -f environment.yml && source deactivate

希望对你有帮助

【讨论】：

非常感谢您的提示 - 将我的 shell 设置为 Bash shell 是让 source 命令工作的诀窍！
似乎还需要使用&& 才能让命令在环境中运行。
真的很有帮助

【解决方案3】：

你应该使用它，它现在对我有用。

report.ipynb : merged.ipynb
    ( bash -c "source ${HOME}/anaconda3/bin/activate py27; which -a python; \
        jupyter nbconvert \
        --to notebook \
        --ExecutePreprocessor.kernel_name=python2 \
        --ExecutePreprocessor.timeout=3000 \
        --execute merged.ipynb \
        --output=$< $<" )

【讨论】：