Conda 命令在命令提示符下工作，但不在 bash 脚本中答案

【问题标题】：Conda command working in command prompt but not in bash scriptConda 命令在命令提示符下工作，但不在 bash 脚本中
【发布时间】：2019-03-17 15:43:09
【问题描述】：

我的 anaconda (4.5.4) 只要我通过 linux 终端 (bash shell) 使用它就可以正常工作。但是，在 bash 脚本中运行 conda 命令根本不起作用。

脚本 test.sh 包含以下几行：

#!/bin/bash
conda --version
conda activate env

现在，运行 bash test.sh 会导致错误 test.sh: line 2: conda: command not found test.sh: line 3: conda: command not found

根据 anaconda 版本 > 4.4 的建议，我的 .bashrc 不包含

export PATH="/opt/anaconda/bin:$PATH",

但是

. /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh

谢谢。

【问题讨论】：

这是相关的：unix.stackexchange.com/questions/65751/…。从 conda 4.4 开始，conda 被定义为 bash 函数，不再是可执行文件。
您的提示引导我走向正确的方向。谢谢！

标签： python linux bash anaconda conda

【解决方案1】：

假设您尝试使用 "miky" @ "server" 地址访问用户名。首先当您登录到您的用户时；用 "which conda" 学习 conda 路径，那么你可能会得到一个路径，例如 "/home/miky/anaconda3/bin/conda" 然后将您的 conda 命令如下（在我的示例中，我使用 conda 来安装 mysql 插件。）： shh miky@server -t "/home/miky/anaconda3/bin/conda install -y -c anaconda mysql -connector-python" 仅此而已。

【讨论】：

which 在 bash 中看不到函数、别名或 shell 内置命令，因为它是外部命令而不是内置 shell。请改用type conda。

【解决方案2】：

如果@randomwalker 的方法对您不起作用（无论何时您的脚本在更基本的 shell（例如 sh）中运行时都不起作用），那么您有两个选择。

将此添加到您的脚本中：eval $(conda shell.bash hook)
使用：bash -i <scriptname> 调用您的脚本，以便它在您的交互式环境中运行。

【讨论】：

"... 任何时候你的脚本都不会在更基本的 shell 中运行，例如 sh" - baller！完美的答案，顺便说一句。效果很好。
如果您没有明确引用结果传递给eval 的扩展，则可能会出现细微的错误。因此，它应该更像eval "$(conda shell.bash hook)"，因此在eval 获取其参数列表之前，不会将任何glob 表达式替换为匹配的文件名。（这不是没有引用可能影响此用例的唯一副作用，但它是在评论范围内最容易解释的副作用）。

【解决方案3】：

感谢@darthbith 的评论，我解决了这个问题。

由于conda是一个bash函数，bash函数不能传播到独立的shell（例如通过执行bash脚本打开），所以必须添加一行

source /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh

在调用 conda 命令之前到 bash 脚本。否则 bash 将不知道 conda。

【讨论】：

这很棒！谢谢。我在/home/ubuntu/miniconda3/etc/profile.d/conda.shonda.sh。
有没有办法传播这个？我的 bash 脚本运行其他也想使用 conda 的 bash 脚本，我是否需要在每个脚本中都包含该调用？
在这个 github 问题中：github.com/conda/conda/issues/7980。默认情况下，函数不会导出以在子 shell 中可用。我建议你这样做： source ~/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh conda activate my_env

【解决方案4】：

执行sudo ln -s /home/<user>/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh 并重试。这应该为所有用户永久激活 conda

source

【讨论】：

谢谢，但我不是我正在处理的远程服务器的管理员。 conda 在终端中可以正常工作，但不能在 bash 脚本中。通过. /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh 我已经为自己激活了 conda。
只是conda: command not found 表明它没有被激活。可能 conda.sh 没有做它的工作。啊和他们之间应该没有空格 /opt/... 和开头的那个点。
只有由父进程作为登录 shell 的进程启动的脚本才会看到由profile.d、.bash_profile 等设置的环境变量。并非所有脚本都属于此类别。跨度>