conda `source activate virtualenv` 在 Dockerfile 中不起作用

Question

场景

我正在尝试基于公共 continuumio/anaconda3 容器设置一个简单的 docker 映像（我对 docker 很陌生，所以请纠正我可能存在的误解）。

Dockerfile:

FROM continuumio/anaconda3:latest

# update conda and setup environment
RUN conda update conda -y \
    && conda env list \
    && conda create -n testenv pip -y \
    && source activate testenv \
    && conda env list

docker build -t test . 的构建和图像以错误结束：

/bin/sh: 1: source: not found

激活新的虚拟环境时。

建议一：

按照this answer我试过了：

FROM continuumio/anaconda3:latest

# update conda and setup environment
RUN conda update conda -y \
    && conda env list \
    && conda create -y -n testenv pip \
    && /bin/bash -c "source activate testenv" \
    && conda env list

起初这似乎有效，因为它输出：prepending /opt/conda/envs/testenv/bin to PATH，但conda env list 以及echo $PATH 清楚地表明它没有：

[...]
# conda environments:
#
testenv                  /opt/conda/envs/testenv
root                  *  /opt/conda

---> 80a77e55a11f
Removing intermediate container 33982c006f94
Step 3 : RUN echo $PATH
---> Running in a30bb3706731
/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin

docker 文件作为 MWE 开箱即用。 我很欣赏任何想法。谢谢！

Answer 1

方法一：使用带有自定义入口点脚本的SHELL

编辑：我开发了一种新的、改进的方法，它比"conda", "run" 语法更好。

Sample dockerfile available at this gist。它通过利用自定义入口点脚本在execing RUN 节的参数之前设置环境来工作。

为什么会这样？

shell 是（简单地说）一个可以作为任意程序入口点的进程。 exec "$@" 允许我们启动一个新进程，继承父进程的所有环境。在这种情况下，这意味着我们激活 conda（它基本上会破坏一堆环境变量），然后运行 ​​/bin/bash -c CONTENTS_OF_DOCKER_RUN。

---

方法2：带参数的SHELL

这是我之前的方法，感谢Itamar Turner-Trauring；非常感谢他们！

# Create the environment:
COPY environment.yml .
RUN conda env create -f environment.yml

# Set the default docker build shell to run as the conda wrapped process
SHELL ["conda", "run", "-n", "vigilant_detect", "/bin/bash", "-c"]

# Set your entrypoint to use the conda environment as well
ENTRYPOINT ["conda", "run", "-n", "myenv", "python", "run.py"]

修改ENV 可能不是最好的方法，因为 conda 喜欢自己控制环境变量。此外，您的自定义 conda env 可能会激活其他脚本以进一步调整环境。

为什么会这样？

这利用conda run 在启动新的 bash shell 之前“将条目添加到环境的 PATH 并运行环境可能包含的任何激活脚本”。

使用 conda 可能是一种令人沮丧的体验，因为这两种工具都想有效地垄断环境，从理论上讲，您永远不需要在容器中使用 conda。但是最后期限和技术债务是一个问题，有时你只需要完成它，有时 conda 是提供依赖项的最简单方法（看看你，GDAL）。

Answer 2

捎带 ccauet 的回答（我无法开始工作），以及 Charles Duffey 的评论，说它不仅仅是PATH，这就是解决这个问题的方法。

激活环境时，conda 会设置以下变量，以及一些在停用环境时可以引用的备份默认值。这些变量已从 Dockerfile 中省略，因为根 conda 环境不再需要使用。作为参考，这些是CONDA_PATH_BACKUP、CONDA_PS1_BACKUP 和_CONDA_SET_PROJ_LIB。它还设置了PS1，以便在终端提示行的左侧显示(testenv)，这也被省略了。下面的语句会做你想做的。

ENV PATH /opt/conda/envs/testenv/bin:$PATH
ENV CONDA_DEFAULT_ENV testenv
ENV CONDA_PREFIX /opt/conda/envs/testenv

为了减少创建的层数，您可以将这些命令组合成一个 ENV 命令，同时设置所有变量。

根据包的不同，可能还有一些其他的变量需要设置。例如，

ENV GDAL_DATA /opt/conda/envs/testenv/share/gdal
ENV CPL_ZIP_ENCODING UTF-8
ENV PROJ_LIB /opt/conda/envs/testenv/share/proj

获取此信息的简单方法是在根环境中调用printenv > root_env.txt，激活testenv，然后调用printenv > test_env.txt，并检查 diff root_env.txt test_env.txt.

Answer 3

使用 docker ENV 指令可以将虚拟环境路径永久添加到PATH。 虽然这并不能解决conda env list 下列出的选定环境。

查看 MWE：

FROM continuumio/anaconda3:latest

# update conda and setup environment
RUN conda update conda -y \
    && conda create -y -n testenv pip

ENV PATH /opt/conda/envs/testenv/bin:$PATH

RUN echo $PATH
RUN conda env list