使用 Jupyter Notebook 的 R Notebook 中的内核错误答案

【问题标题】：Kernel Error in R Notebook using Jupyter Notebook使用 Jupyter Notebook 的 R Notebook 中的内核错误
【发布时间】：2015-10-27 07:19:33
【问题描述】：

我正在尝试在 jupyter notebook 中使用 R。

我去了我的 R shell 并运行了

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),
             repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))
IRkernel::installspec()

然后我加载了我的 ipython 笔记本并使用现在可用的 R 扩展创建了一个新笔记本。当我访问笔记本时，我遇到了这个内核错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\base\handlers.py", line 394, in wrapper
    result = yield gen.maybe_future(method(self, *args, **kwargs))
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\sessions\handlers.py", line 53, in     post
    model = sm.create_session(path=path, kernel_name=kernel_name)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\sessions\sessionmanager.py", line 66, in create_session
    kernel_name=kernel_name)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\html\services\kernels\kernelmanager.py", line 84, in start_kernel
    kernel_name=kernel_name, **kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\multikernelmanager.py", line 112, in start_kernel
km.start_kernel(**kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\manager.py", line 240, in start_kernel
**kw)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\manager.py", line 189, in _launch_kernel
return launch_kernel(kernel_cmd, **kw)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\site-packages\IPython\kernel\launcher.py", line 202, in launch_kernel
proc = Popen(cmd, **kwargs)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 859, in __init__
restore_signals, start_new_session)
  File "C:\Users\Nina Kate\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1112, in _execute_child
startupinfo)
    FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified

【问题讨论】：

如果你进入命令提示符并运行R，它会启动R吗？如果没有，您需要将包含R.exe 的目录添加到您的系统路径中。有关更改的说明，请参见此处：computerhope.com/issues/ch000549.htm
我也有同样的问题。 Mac OS，我可以从终端启动 r。
在 Windows 7 中相同。可以在 shell 中启动 R，但在 jupyter 中出现内核错误

标签： r ipython ipython-notebook jupyter

【解决方案1】：

如果使用的是 Windows 10 而不是 Anaconda，那么试试这个；

使用记事本查看您现有的内核文件。文件位于：

~ AppData\Roaming\Jupyter\kernels

此文件将显示安装 Jupyter 时使用的 R 版本。如果您更改或升级了当前使用的 R 版本，则 R Kernel 将无法在 Jupyter 中运行。

R Studio -> Tools -> Global Options -> Change ，查看安装在 PC 上的 R 版本。如果当前版本的 R 与内核文件中的版本不同，请选择其他版本的 R。关闭 R Studio 并重新打开以验证正在使用的版本。关闭 R Studio 并打开 Jupyter Notebook 并选择 R 内核。 R 内核现在应该可以工作了。

【讨论】：

【解决方案2】：

您可能错过了有关 irkernel 存储库中缺少索引的警告：

Warning: unable to access index for repository http://irkernel.github.io/src/contrib:
   cannot download all files

new installation 步骤对我有用（在 R 3.3 控制台中）：

install.packages('devtools')
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') # IRkernel-master.tar.gz
IRkernel::installspec()  # register kernel in the current R install
IRkernel::installspec(name = 'ir33', displayname = 'R 3.3')  # ir32, R 3.2

当您重新启动jupyter notebook 时，内核列表中应该会出现一个“R 3.3”条目。

【讨论】：

【解决方案3】：

我在 Windows 7 中遇到了完全相同的错误。我将 R 添加到 PATH 环境变量中，并且能够在 shell 上运行它，但在 Jupyter 中仍然出现内核错误。

内核开始工作 when installed system wide 使用：

IRkernel::installspec(user = FALSE)

而不是第一个安装选项：

IRkernel::installspec()

请注意，必须设置两个参数，PATH 变量和 R 系统范围的安装。

【讨论】：