使用 GitHub，我们可以在线存储我们的代码，而使用 Jupyter notebook，我们只能执行一部分 Python 代码。我想一起使用它们。我可以使用存储在我计算机上的 Jupyter 笔记本编辑代码。但是，我无法找到运行存储在 GitHub 上的代码的方法。那么，您知道一种方法吗？
这里有一些例子： https://github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_dimensionality.ipynb https://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb
【问题讨论】：
标签： python git github jupyter-notebook
如tip# 8 here 中所述，IPython Magic 命令%load 将用外部脚本替换 Jupyter 笔记本单元格的内容。
来源可以是您计算机上的文件或网址。
Github 或 Gist 托管脚本的诀窍是将其指向原始代码的 URL。您可以通过在 GitHub 或 gist.github.com 上浏览脚本并在代码上方的工具栏中按 Raw 来获取原始代码的 URL。将您从地址栏中提取的内容放在%load 之后以获得类似以下内容的内容：
%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py
当您在 Jupyter 笔记本单元格中执行代码时，这会将代码拉入笔记本的命名空间。
更多关于通过 GitHub 或 Gists here 和 here 使用原始代码的信息。更多其他魔法命令可以在here找到。
同样，如果您想将脚本作为文件引入，您可以使用%run（或从命令行等效项）在笔记本中调用，在笔记本单元格中使用curl，脚本将添加到当前目录。
!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py
然后，您将在 Jupyter 笔记本中运行脚本，并在单元格中包含以下内容：
%run fastq-to-fasta.py
在脚本名称之后为脚本提供任何必要的参数。通常您可以运行%run <script_name> --help 来获取有关脚本期望的参数的信息。在 notebook 中使用 %run 可以提供更全功能的 Jupyter 体验； 使用 %run 在 Jupyter 笔记本中运行脚本类似于在命令行上运行脚本的传统方式。
或者，如果您希望其他人能够轻松运行该笔记本。
查看这篇 Nature 文章 here 中突出显示的 MyBinder.org。有关该服务的更多信息，请访问here、here 和 here。
在 MyBinder.org 页面上，您可以将服务指向任何 Github 存储库。不过需要注意的是，除非它是笔记本中相当普通的 python，否则你会遇到依赖问题。您可以按照here 和here 的指导将其设置为地址。
这样做是为了生成this launchable repo，因为我派生了一个最初没有设置为使用 Binder 系统的设备。再比如这个R代码，基于a gist shared on a twitter exchange可以看here。
使用它，您可以获得Launch Binder 徽章，您可以将其添加到您的存储库并随时启动它。查看可以启动 here 的示例。
【讨论】：
%load 命令时引用 Github 上的特定提交，您可以使您和其他人的工作更加稳定/可重复。您可以浏览提交的历史记录，然后通过 GitHub Web 界面输入特定的和 Browse files 并获取特定提交的原始链接。在上述示例的基础上，您将使用 %load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/2c87d813c2e39550ece844db10a9d55b4dadc209/scripts/fastq-to-fasta.py 指定 2017 年 9 月 14 日提交的脚本版本。
Github 是一个版本和源代码控制工具，您需要将代码副本复制到本地环境。
有初学者教程here
一旦您设置了 github 帐户并定义了本地和远程存储库，您将能够使用 git checkout 检索代码。进一步的解释在教程中
【讨论】：