MPI - 加载共享库时出错

Question

我遇到的问题已经在这里解决了： Loading shared library in open-mpi/ mpi-run

当我的安装本身指定了必要的 -L 参数时，我不知道如何设置 LD_LIBRARY_PATH 或指定 -x LD_LIBRARY_PATH 来解决问题。我的安装在~/mpi/

我还包含了我的编译链接配置。

$ mpic++ -showme:version 
mpic++: Open MPI 1.6.3 (Language: C++)

$ mpic++ -showme
g++ -I/home/vigneshwaren/mpi/include -pthread -L/home/vigneshwaren/mpi/lib
-lmpi_cxx -lmpi -ldl -lm -Wl,--export-dynamic -lrt -lnsl -lutil -lm -ldl

$ mpic++ -showme:libdirs
/home/vigneshwaren/mpi/lib

$ mpic++ -showme:libs
mpi_cxx mpi dl m rt nsl util m dl    % Notice mpi_cxx here %

当我使用 mpic++ <file> 编译并使用 mpirun a.out 运行时，出现（共享库）链接器错误

error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: 
cannot open shared object file: No such file or directory

已通过设置LD_LIBRARY_PATH 修复了该错误。问题是如何以及为什么？我错过了什么？为什么我的安装看起来还不错时需要LD_LIBRARY_PATH。

Answer 1

我在 Ubuntu 上使用以下命令安装了 mpich 3.2。

sudo apt-get install mpich

当我尝试使用 mpiexec 运行 mpi 进程时，我遇到了同样的错误。

/home/node1/examples/.libs/lt-cpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

配置 LD_LIBRARY_PATH 并没有解决我的问题。

我在我的机器上搜索了文件 'libmpi.so.0'，但找不到。我花了一些时间才发现 'libmpi.so.0' 文件在我的机器上被命名为 'libmpi.so'。所以我把它重命名为'libmpi.so.0'。

它解决了我的问题！

如果您遇到同样的问题并且您通过 apt-get 安装了该库，请执行以下操作。

文件 'libmpi.so' 应位于 '/usr/lib/' 位置。将文件重命名为 'libmpi.so.0'

mv /usr/lib/libmpi.so /usr/lib/libmpi.so.0

之后，MPI 作业应该可以毫无问题地运行。

如果在 '/usr/lib' 中找不到 'libmpi.so'，您可以使用以下命令获取其位置。

whereis libmpi.so

Answer 2

简单运行

$ ldconfig

在我看来是解决问题的更好方法（取自对this 问题的评论）。特别是，因为它避免了LD_LIBRARY_PATH 环境变量的滥用。请参阅 here 和 here，了解为什么我认为它被滥用来解决手头的问题。

Answer 3

首先，运行这个命令

$ sudo apt-get install libcr-dev

如果仍然有这个问题，那么像这样配置 LD_LIBRARY_PATH：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpich-3.2.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

然后将其添加到 ~/.bashrc 此行之前：

[ -z "$PS1" ] && return

Answer 4

就我而言，我只是简单地追加

export LD_LIBRARY_PATH=/PATH_TO_openmpi-version/lib:$LD_LIBRARY_PATH

例如

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi-1.8.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

进入$HOME/.bashrc 文件，然后将其重新激活source $HOME/.bashrc。

Answer 5

libdl、libm、librt、libnsl 和 libutil 都是必不可少的系统级库，它们是非常基本的操作系统安装的一部分。 libmpi 和 libmpi_cxx 是 Open MPI 安装的一部分，在您的情况下，它们位于非标准位置，必须明确包含在链接器搜索路径 LD_LIBRARY_PATH 中。

可以修改 Open MPI 编译器包装器的配置，并使它们将 -rpath 选项传递给链接器。 -rpath 获取一个库路径并将其附加到一个列表中，存储在可执行文件中，它告诉运行时链接编辑器（也称为动态链接器）在查询 LD_LIBRARY_PATH 变量之前在哪里搜索库。例如，在您的情况下，以下选项就足够了：

-Wl,-rpath,/home/vigneshwaren/mpi/lib

这会将 Open MPI 库的路径嵌入到可执行文件中，无论该路径在运行时是否属于 LD_LIBRARY_PATH 的一部分。

要使相应的包装器将该选项添加到编译器标志列表中，您必须修改mpiXX-wrapper-data.txt 文件（其中XX 是cc、c++、CC、f90、等），位于mpi/share/openmpi/。例如，要使mpicc 通过该选项，您必须修改/home/vigneshwaren/mpi/share/openmpi/mpicc-wrapper-data.txt 并将以下内容添加到以linker_flags= 开头的行：

linker_flags= ... -Wl,-rpath,${prefix}/lib

${prefix} 被包装器自动扩展为当前的 Open MPI 安装路径。