R 和 sra 工具包 - 奇怪的 system() 行为答案

【问题标题】：R and sra toolkit - odd system() behaviorR 和 sra 工具包 - 奇怪的 system() 行为
【发布时间】：2021-11-21 07:29:39
【问题描述】：

为了从 NCBI 的序列读取存档中提取一些 fastq 数据，我下载并安装了适用于 Windows 的 sra toolkit。为了测试它是否设置正确，我打开了 cmd，导航到目录并输入命令fasterq-dump --split-files SRR7647019。它按预期下载文件 SRR7647019.sra 并将其拆分为 fastq 文件。

然后我在 RStudio 中尝试了相同的命令，将 system() 命令包裹在它周围：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。但是，R 总是返回

发生错误：无法识别的工具 FASTER~2.EXE 如果这种情况继续发生，请联系 SRA 工具包https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

以及数字 75（可能是错误代码）。

知道为什么我不能从 R 中运行 fasterq-dump.exe 吗？怎么解决？

非常感谢您提前提出的建议！

【问题讨论】：

您使用的是 R 终端还是 RStudio？ RStudio 使用一组不同的环境变量，因此它可能找不到 fasterq-dump 可执行文件。
@danlooo 抱歉，我使用的是 RStudio，而不是 R 终端。但是，我只是检查了这是否会有所作为。不，它不会返回相同的错误。
R 命令Sys.getenv("PATH") 的结果是什么？ fasterq-dump 是否在这些文件夹之一中？
@danlooo 不。它在另一个文件夹中。

标签： r cmd system command-line-tool

【解决方案1】：

有时显式调用终端 shell 以绕过可能被 RStudio 覆盖的环境变量会有所帮助：

system("cmd.exe /k fasterq-dump --split-files SRR7647019")

【讨论】：

感谢您的好建议。不过，我不得不让你失望。输出保持不变:(
您可以访问 Docker 桌面或 Linux 的 Windows 子系统吗？这将使生物信息学领域的事情变得更加容易。
不。嗯，我知道。不过很有趣，因为 system() 在其他应用程序上对我来说总是很好。但是到目前为止，感谢您的帮助！

【解决方案2】：

再次尝试了整个过程，但这次是fasterq-dump-orig：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。猜猜看……它奏效了！不过，很高兴知道为什么我能够从 R 中执行 fasterq-dump-orig，但不能执行 fasterq-dum ...

【讨论】：

这行得通吗？ system("cmd.exe /k fasterq-dump --split-files SRR7647019") 这里我明确告诉 R 使用默认的 windows 终端
此外，我还没有找到一个名为 FASTER~2.EXE 的文件...也许使用 fasterq-dump-orig 不需要这个文件
@danlooo: system("cmd.exe /k fasterq-dump --split-files SRR7647019") 终于成功了！如果你想写另一个答案，我会接受的！谢谢！是的，FASTER~2.EXE 似乎根本不存在。似乎 R/RStudio 试图缩短文件名？！
我修改了答案