为什么我不能在 R 中调用可以在我的终端中清楚地工作的系统函数？答案

【问题标题】：Why can't I call system functions in R that clearly work in my terminal?为什么我不能在 R 中调用可以在我的终端中清楚地工作的系统函数？
【发布时间】：2014-11-21 19:39:44
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中调用系统函数。我正在使用 mac。如果我传递一个内置函数（例如ln），它就没有问题：

command <- "ls"
cat(command, "\n")
try(system(command))

我得到一个目录列表。

但是，如果我从第三方安装函数（例如二进制文件），它就不起作用（即使它在终端中起作用）。

command <- "bedtools ..."
cat(command, "\n")
try(system(command))

我收到以下错误：

sh: bedtool..:command not found

您认为这是 PATH 问题吗？

谢谢！

【问题讨论】：

您是否意识到您的command 输入与您的错误消息不匹配
它不可能是 PATH 问题，如果它在 CL 中工作。不幸的是，你没有给出一个可重复的例子，而且很难从这里开始。
@rawr 你好！这是另一个错字。对不起。
@user2472704 system2('bedtools') 工作与否
@rawr 它没有。 :(

标签： r system

【解决方案1】：

您的床具保存在哪里？即

的输出是什么

which bedtools

如果它不在你的

usr/bin

然后系统命令给出该错误。将 betools 保存在那里，它应该可以工作。

从系统帮助文件中建议尝试

Sys.which

先在你的 shell 输入命令，看看它是否能在系统中工作。

【讨论】：

@user2472704，这有帮助吗？

【解决方案2】：

考虑到您确实“安装”了该命令（它存在于某处的 bin 中）并在阅读了您的评论后：

如果我打开函数二进制文件所在的 RStudio（例如 open -a RStudio），它就没有问题。

我猜这确实是一个 PATH 问题。一个可能的解决方法是：

Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), "/the/bin/folder/of/bedtools", sep=":"))

【讨论】：

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